Заболевания, вызванные патогенными грибными организмами, носят название микозов и в большинстве случаев являются инфекционными и контагиозными.
По данным ВОЗ (Всемирная организация здравоохранения), пятая часть населения страдает различными грибковыми заболеваниями. Широко распространены кожные заболевания, участились случаи поражения легких. До 15% всех подострых и хронических гайморитов вызываются грибами. Грибковые синуситы имеют тенденцию к количественному росту. Патогенные грибы развиваются десятилетиями, иногда в скрытой форме, проявляются при осложнениях, в старости, при заболевании сахарным диабетом, ВИЧ-инфекции. Особенно живучи дерматофиты, поражающие наружные покровы человека. Заражение происходит через поверхностные покровы, дыхательные пути, при заглатывании с пищей при отсутствии гигиены, а также в парикмахерских, бассейнах, при пользовании чужими вещами, расческами, при контакте с кошками, собаками.
Большой ущерб рыбному хозяйству наносят сапролегниевые грибы.
Из микозов, поражающих внутренние органы человека и животных, известны микозы, вызывающие псевдотуберкулез легких, микозы кишечника (гастромикозы), отомикозы (гнойное воспаление уха), микозы, вызывающие воспаление полости носа, глаз. Наиболее же распространены микозы наружных покровов человека и животных (дерматомикозы), в связи с чем в медицине и ветеринарии обособилась специальная отрасль — дерматомикология. Чаще всего внимание дерматомикологов привлекают такие заболевания, как парша, стригущий лишай (трихофития), эпидермофития, микроспория и другие.
Рыбному производству (разведению рыб) наносит ущерб болезнь икры и мальков, причиняемая грибом из рода Saprolegnia.
Среди заболеваний домашней птицы и пчел довольно широко известен аспергиллез.
Но наряду с патогенными для человека и животных существуют и такие грибы, которые первоначально обитают на живых или мертвых растениях, а затем попадают вместе с растительной пищей в организм животных или человека, которым причиняют страдания, а иногда приводят к смерти. Заболевания в этих случаях не инфекционного характера, так как представляют собой лишь отравления токсинами (ядами), вырабатываемыми грибами в процессе их жизнедеятельности на растениях. Такие отравления получили название микотоксикозов. Из числа последних наиболее широко известны микотоксикозы человека и животных, вызываемые спорыньей хлебных и кормовых злаков (Claviceps purpurea), а также «пьяным хлебом», приготовленным из зерна, зараженного грибами рода Fusarium. Менее известно отравление «пьяным маслом», получаемым из растений масличного льна, пораженных еще на корню токсичными видами грибов из рода Fusarium. Вредно также действие на животных опьяняющего плевела (Lolium temulentum), так как семена его приобретают ядовитые свойства под влиянием бесплодной стадий гриба, неизменно обитающего на этом злаке. Известно также вредное действие возбудителя головни — Ustilago longissima, поражающего листья манника (Clyceria fluitans), и пузырчатой головни кукурузы — Ustilago maydis; последний содержит токсин, водная вытяжка которого оказалась более токсичной, чем эрготин, содержащийся в рожках спорыньи.