Кукуруза может быть разделена на разные группы, различающиеся по признакам семян.
Эти группы включают зубовидную, кремнистую, сахарную, крахмалистую, лопающуюся, восковидную и пленчатую кукурузу. Эти группы представляют искусственную классификацию, не указывающую на естественные связи.
Зубовидная кукуруза наиболее распространена в США. Она характеризуется некоторым углублением на верхушке семени в виде «конского зуба». Боковые стороны зерна содержат роговидный крахмал, тогда как мягкий крахмал сосредоточен в верхней части семени. Быстрое высыхание и сжатие мягкого крахмала в зерне приводят к образованию характерных зубцов. Зубовидная кукуруза кукурузного пояса США происходит от смешения северных кремнистых сортов и южных зубовидных форм кукурузы.
Кремнистая кукуруза относительно широко выращивается в Европе, Азии, Центральной и Южной Америке. В доисторические и колониальные времена она выращивалась в США более широко, чем в настоящее время. В общем зерна кремнистой кукурузы твердые и гладкие и содержат мало мягкого крахмала. Однако отношение количества мягкого и роговидного крахмала в разных сортах неодинаково. В умеренных зонах кремнистая кукуруза часто раньше созревает, лучше прорастает, раньше дает мощные растения и больше побегов, чем зубовидная кукуруза. Колумб и его последователи высадились в странах, где широко выращивалась кремнистая кукуруза. Следовательно, первой увиденной европейцами формой кукурузы, была, вероятно, кремнистая.
Зерна незрелой сахарной кукурузы полупрозрачны и роговидны, а зрелые зерна сморщены. Сахарная кукуруза выращивается преимущественно в США. Она отличается от зубовидной кукурузы лишь по одному рецессивному гену (su), который предотвращает превращение части сахара в крахмал. Основной район культивирования сахарной кукурузы ранее был в северной части США. Однако сейчас значительное количество ее выращивают в южной части США в зимний период.
Зерна крахмалистой кукурузы состоят в основном из мягкого крахмала и имеют лишь маленький зубец или совсем не имеют его. Крахмалистая кукуруза широко выращивалась в наиболее сухих районах США и в районах Анд в Южной Америке. Это один из наиболее древних типов кукурузы, и он часто обнаруживается в захоронениях древних ацтеков и инков. Пользуясь мягкостью этих зерен, американские индейцы перемалывали их в муку.
Лопающаяся кукуруза является крайней формой кремнистой, а ее эндосперм содержит лишь небольшое количество мягкого крахмала. По сравнению с зубовидной площадь под лопающейся кукурузой относительно невелика. В США лопающейся кукурузой засевается примерно 0,1% общей площади, занятой кукурузой. Эта культура используется преимущественно для потребления человеком в виде «взорванных» воздушных зерен и является основой для приготовления сладостей из воздушной кукурузы. Способность лопаться, по-видимому, обусловлена роговидным эндоспермом, в котором крахмальные зерна заключены в плотный эластичный коллоидный материал, который сдерживает давление водяного пара, создаваемое внутри гранулы при нагревании до тех пор, пока оно не достигнет достаточной для взрыва силы.
Восковидная (wx) кукуруза названа так вследствие несколько воскообразного внешнего вида зерен. Восковидный крахмал полностью состоит из молекул разветвленной формы, амилопектина, тогда как обычный кукурузный крахмал состоит приблизительно на 78% из амилопектина и на 22% из амилозы — линейной формы. Китай был первоначальным источником гена восковидности, но мутации восковидности с тех пор наблюдались и в американских линиях зубовидной кукурузы. Выведенные в США гибриды восковидной кукурузы теперь занимают незначительные промышленные площади для получения крахмала, сходного с крахмалом тапиоки.
Пленчатая кукуруза является необычным типом кукурузы, у которого каждое зерно заключено в пленку. Початок также закрыт листовой обверткой, как и у других подвидов кукурузы. Гомозиготная пленчатая кукуруза обычно в высокой степени самостерильна, а исходный тип пленчатой кукурузы гетерозиготен. Пленчатая кукуруза не выращивается коммерчески, но она представляет значительный интерес при изучении вопросов происхождения кукурузы.