Определение фитопатогенных грибов проводится по морфологическим признакам.
При этом особое значение имеют: 1 — споры, например зооспоры, ооспоры, конидии, аскоспоры, головневые споры, телейтоспоры; 2 — спороносцы и плодовые тела, например спорангии, клейстотеции, перитеции, апотеции, пикниды; 3 — особые мицелиальные образования, например щетинки, анастомозы, пряжки, придатки клейстотециев настоящих мучнисторосяных грибов, склероции. Мицелий как диагностический признак может играть роль только на этапе общего установления грибного характера болезни или при отнесении возбудителя к низшим или высшим грибам (несептированный и септированный мицелий). Однако в отдельных случаях при диагностике можно использовать гифы и мицелиальные тяжи, например у Gaeumannomyces graminis.
Вследствие большого количества фитопатогенных грибов в современной литературе нет работы, включающей стандартные описания всех грибных возбудителей. Поэтому целесообразно пользоваться специальными руководствами по возбудителям болезней соответствующей культуры, а также каким-либо общим определителем возбудителей болезней. Таким образом, можно определить важнейших и наиболее распространенных возбудителей каждой культуры. Лишь в том случае, если речь идет о редком или впервые встретившемся возбудителе, следует обратиться к специальной литературе или к помощи специалистов.
При исследовании возбудителя на растении или его частях вначале проверяют, нет ли на них пустул или споролож, которые могут разрушиться при мытье материала под проточной водой. Если структуры гриба обнаружены, то без предварительной очистки готовят простой микроскопический препарат (водная суспензия) и просматривают его. В противном случае растение тщательно моют в проточной воде и затем исследуют места повреждения на наличие плодовых тел, применяя стереомикроскоп или
сильную лупу. При обнаружении пикнид, спорокучек и др. снова готовят водный микропрепарат; если спороношение не найдено, рекомендуется окрашенный препарат. Путем удаления хлорофилла (осветление частей растений) или подготовки среза можно облегчить выявление органов гриба, находящихся в тканях растения. Чтобы установить наличие на эпидермисе спор не в плодовых телах, а на отдельных спороносцах, можно приготовить просто оттиски или срывы эпидермиса, причем последний метод пригоден также для исследования гаусторий мучнисторосяных грибов. Еще одну возможность представляет выдерживание пораженных частей растений во влажной камере в течение нескольких дней и затем приготовление водного микропрепарата из развившегося мицелия. Высокая влажность стимулирует у многих грибов не только образование мицелия, но и спороношение, что облегчает определение возбудителя. Другой эффективный метод стимуляции спорообразования — это УФ-облучение.