II этап органогенеза у лука характеризуется дифференциацией конуса нарастания; в пазухах листьев закладываются вегетативные почки, формируется луковица и идет накопление запасных питательных веществ. Завершается этап отмиранием листьев и переходом луковицы в период покоя.
Луковица репчатого лука способна сформироваться при наличии да-же трех настоящих листьев. 1-й и 2-й листья дают начало сухим чешуям будущей луковицы, а 3-й — самый молодой образует единственную сочную чешую, которая охватывает и защищает почку — зачаток будущей луковицы. Аналогичная картина наблюдается и у чеснока, когда при недостатке влаги формируется или мелкая сплошная луковица, или мелкая луковица с шиловидными зубками, но этот процесс у него происходит не так быстро, как у репчатого лука. У чеснока недостаток влаги приостанавливает развитие новых листьев, но при благоприятных условиях формирование зубков может продолжаться.
Темп развития зависит и от площади питания, что было изучено Эделынтейном на репчатом луке.
На II этапе у всех видов лука при благоприятных условиях происходит нарастание, как числа листьев, так и их массы; одновременно закладывается большое число корней и увеличивается их длина. По данным Коняева, у репчатого лука число корней может достигать 4,6 тыс., а длина — 239 м. У лука, выращиваемого из семян, в 1-й год жизни идет нарастание корней из донца, у многолетних луков отрастают корни, как от молодых ветвей, так и старых. Этот этап наиболее ответствен для получения высокого урожая листьев (многолетние луки) и луковиц (виды, выращиваемые ради луковиц). К этому времени необходимо приурочивать подкормки и полив, так как идет интенсивный синтез пластических веществ.
По данным Бабусенко и Донченко, в период максимального развития корневой системы лука особенно большое значение имеют азотные подкормки, которые стимулируют развитие микроорганизмов в ризосфере и на корнях лука. Авторы указывают также, что в период наибольшей интенсивности фотосинтеза лука повышается и фитонцидная активность корней: количество микроорганизмов на корнях и в почве вокруг них в это время уменьшается.
У репчатого лука бывает 2 группы корней. Первая из них существует до образования луковицы, затем она отмирает, и тогда начинает функционировать вторая группа корней.
Последняя фаза во II этапе развития лука в 1-й год жизни связана с формированием органа запаса — луковицы. У репчатого лука в этот период приостанавливается нарастание новых листьев и начинается постепенный отток пластических веществ из листьев через стебель (донце) в сочные чешуи луковицы. У чеснока формирование луковицы и зубков проходит в период бурного нарастания листьев и отток веществ из листьев в зубки менее интенсивен, чем у репчатого лука. У многолетних луков в этот период формируется материнская луковица и начинается ветвление. При достаточно продолжительном вегетационном периоде ветви хорошо развиваются и четко обозначены.
После II этапа для всех видов лука наступает период покоя различной продолжительности для каждого вида: для репчатого лука и чеснока — от 1 до 5 мес в зависимости от происхождения и сортовых особенностей, у большинства многолетних видов — неделя — 1 мес.