Проблема иммунитета при ИЭМ не разработана.
В настоящее время изучены нейтрализующие свойства иммунсывороток к вирусу ИЭМ, в перекрестных реакциях нейтрализации показана особенность выделенных в нашей стране штаммов вируса по сравнению с зарубежными вирусами ИЭМ лошадей. В крови больных и реконвалесцентов обнаружены комплементевязывающие антитела (А. П. Зотов, М. В. Рево, К. В. Шмалий, П. Я. Щербатых и др., 1948—1952). Эти антитела находили также у некоторых здоровых лошадей в неблагополучных по ИЭМ зонах, что ориентирует на существование бессимптомного течения ИЭМ.
Главное внимание исследователи уделяли изысканию различного вида вакцин против ИЭМ. Накоплен материал по применению вакцин, полученных из мозга кроликов, зараженных вирусом ИЭМ, а затем из инфицированных вирусом куриных эмбрионов. Из кроличьего вируса готовили различные вакцины: формолвакцину (С. Н. Вышельсский, А. И. Носков., Б. М. Гурвич и др.), фенолглицериновую вакцину (Богданов и Яркина), фотовакцину (получена путем фотодинамического действия на вирус метиленовой сини на свету) (В. И. Мутовин, Г. X. Ишуков).
Указанные вакцины были испытаны в практических условиях и в большинстве случаев оказались неэффективными. После установления возможности культивировать вирус на куриных эмбрионах (см. выше) были широко проверены на практике формолэмбрионвакцины ВИЭВ, MBA и др. Результаты испытания противоречивы. В нашем опыте на поголовье около 3000 лошадей при постановке достоверного контроля (прививали каждую вторую лошадь без подбора) было доказано, что среди привитых заболело столько же лошадей, сколько и среди контрольных непривитых, содержавшихся вместе в равных условиях.
Некоторые ученые (Б. М. Гурвич и др., П. Я. Щербатых) установили, что большой иммунизирующей эффективностью обладал живой вирус при интрацеребральном заражении лабораторных животных и лошадей. Интересные результаты получили П. Я. Щербатых и Левашов при иммунизации лошадей живым вирусом (вирус-вакцина) при субокципитальном его введении. Из 76 вакцинированных животных после контрольного заражения заболело 6, из 32 контрольных заболело и пало 30 лошадей. Иммунитет наступал через 6—10 дней после прививки и длился около двух лет. Названный эксперимент имеет принципиальное значение и ориентировал авторов на проведение дальнейших исследований. Учитывая, однако, явную непригодность названного метода для практики, авторы испытали внутримышечную инъекцию вирусвакцины. Из 34 вакцинированных лошадей после контрольного заражения вирусом 29 не заболели, а из 13 контрольных невакцинированных не заболели 3 лошади. Учитывая эти результаты, а также опыт зарубежных исследователей по вакцинации лошадей против американского и японского энцефаломиелита лошадей, следует (несмотря на ряд неудач, наблюдавшихся во время вспышек ИЭМ в нашей стране, по изысканию вакцин и метода иммунизации) признать дальнейшие исследования в области активной иммунизации против ИЭМ несомненно перспективными.