Важнейшим методом получения иммунологической информации является серодиагностический метод.
Он основан на защитных реакциях животных организмов, способных вырабатывать специфические белковые соединения — иммуноглобулины при введении в организм чужеродных белков. Вводимые в организм животного чужеродные белки любого другого животного, растения, грибных организмов всегда видоспецифичны, но и организм лабораторных животных (преимущественно кроликов, мышей, крыс) способен тонко различать их и связывать своими антителами (каждый раз, в зависимости от видовой принадлежности организмов, которым принадлежат вводимые чужеродные белки, — по-разному). Эти сложные экспериментальные методики, в которых обычно используются у растений запасные глобулины семян (у видов Solarium — белки клубней, в некоторых других группах — белки пыльцевых зерен), которые должны быть хорошо очищены от небелковых компонентов, быть по возможности более однородными (сравнимыми), дают, с одной стороны, признаки видовых различий в реакциях осаждения белков антителами, ас другой стороны, признаки сходства между разными видами (принадлежащими и к разным таксонам вплоть до самого высокого ранга), которые в этом случае считаются признаками гомологии (т. е. родства). Многочисленные модификации методик подобного анализа позволяют получать очень тонкие характеристики сродства белков, принадлежащих организмам разных видов, относящихся к разным родам и семействам, а также к разным порядкам, классам и отделам растений.
В некоторых методиках иммунологические реакции белков используются для расшифровки геномов (особенно — культурных растений), причем, используя различные белки, здесь маркируются белковые компоненты, представляющие как бы этапы эволюционного преобразования белков из однородных структур разных растений. Многочисленные уже данные, полученные серодиагиостическими методами, в значительной мере разнородны. В одних естественных семействах они дают картины, близкие к построениям на базе морфологических и анатомических признаков, в других — показывают значительные отличия от ранее предложенных систем (на той же базе признаков). Все более усложняющиеся методики серодиагностики обусловливают развитие подобных работ преимущественно в специализированных, хорошо оборудованных лабораториях и группах. У серодиагностических методик (которые иногда называются и серотаксономией) есть немало специфических ограничений, связанных как с объектами этих методик, так и с теоретическими представлениями, полагаемыми их основой. Наиболее важно в последнем случае то, что общей теории биосинтеза белков в растительных организмах все же не существует, возможности различных путей синтеза одинаковых белков, в общем, подтверждаются. При этом следует учесть, что любые белки в данном случае исследуются не полностью, и уж, тем более, не во всем комплексе Реально взаимодействующих в любых клетках белковых систем. Но все же эти методы познания именно родственных отношений разных видов и групп растений дают совершенно независимый от других методов материал для систематических работ. При этом есть и некоторая надежда на получение со временем в этом случае данных по ископаемым Растениям.