Сущность этого метода состоит р. том, что отбирают отдельные растения и потомства каждого из них в дальнейшем размножают отдельно, то есть исходные родоначальные растения многократно проверяют по потомству.
При этом потомство худших, случайно отобранных растений выбраковывают, продолжая работу с лучшими из них.
Количество родоначальных (элитных) растений, выделяемых при индивидуальном отборе, зависит от размеров исходного образца, характера изменчивости популяции, условий и возможностей, которыми располагает селекционер. Обычно оно составляет от нескольких сотен до 2000—3000 растений.
При работе с самоопыляющимися культурами применяют однократный индивидуальный отбор. Исходным материалом являются естественные, гибридные и мутантные популяции.
Из исходной популяции отбирают и раздельно обмолачивают лучшие растения. Урожай всех оставшихся после браковки элитных растений на следующий год высевают отдельно в селекционном питомнике. Здесь бракуют худшие линии (семьи) и оставляют лучшие. Каждая линия (семья), высеваемая в селекционном питомнике, получает определенный номер, под которым она проходит все дальнейшие испытания. Все линии до присвоения им в конце испытания сортовых наименований называют номерами.
На второй год оставшиеся после браковки номера высевают в селекционном питомнике второго года, а лучшие из них — в контрольном питомнике (КП), в котором также бракуют худшие и выделяют лучшие номера. В таком же порядке лучшие номера поступают в предварительное сортоиспытание (ПС), из него в конкурсное (КС), а затем в государственное сортоиспытание (ГС). Одновременно с испытанием проводится предварительное размножение самых лучших номеров (ПР) и начинается семеноводческая работа с ними.
Метод индивидуального отбора значительно более сложен и трудоемок в сравнении с массовым отбором. Новый сорт при индивидуальном отборе зарождается из одного элитного растения, масса семян которого, например, у большинства зерновых культур обычно не превышает 1—1,5 г. Следовательно, для выведения и размножения нового сорта требуется много времени. Но эти недостатки метода перекрываются его огромным преимуществом — возможностью оценки и сравнения отбираемых элитных растений по их потомству на всех стадиях селекционного процесса, а следовательно, и его высокой результативностью.
Подавляющее большинство сортов самоопыляющихся растений получено методом индивидуального отбора из естественных или гибридных популяций. Из естественных популяций были выведены, например, сорта озимой (Московская 2453, Ульяновка, Горьковчанка) и яровой пшеницы (Лютесценс 62, Минская), овса (Советский, Победа), ячменя (Винер, Нутанс 187), большинство сортов проса, гороха, чечевицы и многих других культур. Из гибридных популяций индивидуальным отбором созданы такие выдающиеся селекционные сорта, как озимая пшеница Безостая 1 и Одесская 51, яровая пшеница Саратовская 29 и Московская 35, яровой ячмень Нутанс 244 и Носовский 9, овес Немчиновский 2, просо Саратовское 2, горох Рамонский 77 и многие другие.
Сорта, выведенные методом индивидуального отбора, как правило, стойко сохраняют свои хозяйственно-биологические качества во множестве поколений. Однако это постоянство относительное.
Под влиянием расщепления, естественной гибридизации и мутагенеза у них появляются ценные формы, и отбор их может дать новые, лучшие сорта. Для использования таких полезных-новообразований проводят повторные внутрисортовые отборы. В практике селекционной работы известны примеры успешного применения повторных внутрисортовых отборов из гибридных, а в некоторых случаях и из линейных сортов. Так, путем повторного внутрисортового отбора из сорта озимой пшеницы Безостая 4 выведен сорт Безостая 1, из сорта яровой пшеницы Шортардинка — сорт Пирот — рикс 28. Сорт проса Мироновское 51 получен из сорта Мироновское 85, из сорта риса Красноармейский 313 — сорт Кубань 9 и т. д. В Швеции из сорта овса Победа создан сорт Диппе, а в Дании путем внутрисортового отбора из сорта ячменя Карлсберг I — сорт Карлсберг II.