После проникновения внутрь ткани возбудитель начинает распространяться в организме растения, вступает с ним в непосредственные взаимоотношения и вызывает патологический процесс.
Однако внешние признаки этого процесса некоторое время не бывают заметны: они протекают скрытно. Проходит некоторое время после заражения и появляются первые симптомы (признаки) заболевания. Промежуток времени от момента заражения растения возбудителем до первых симптомов заболевания получил название инкубационного периода, или инкубации. Этот термин происходит от латинского слова инкубо (incubo — покоюсь, лежу). Иногда инкубационный период определяется промежутком времени, прошедшим между моментом заражения и моментом образования спор паразитического гриба на растении-хозяине. В этом отношении справедливо подчеркивается, что развитие гриба с момента заражения до спорообразования протекает в скрытой форме, а по спороношению легко можно обнаружить присутствие и определить возбудителя болезни. Такое определение инкубационного периода как время, прошедшее между заражением и спорообразованием, менее точное, но на практике при заражении грибами более удобное. При заражении бактериями и вирусами, у которых рост и размножение протекают одновременно и непрерывно это определение инкубационного периода неприменимо.
Продолжительность инкубационного периода, установленная по многочисленным наблюдениям, для различных инфекционных болезней растений различна и изменяется от 3 дней до 12 мес. Фитофтороз картофеля — Phytophthora infestans DB. имеет инкубационный период 4 дня, линейная ржавчина злаков — Puccinia graminis Pers. — 8— 10 дней, пузырчатая головня кукурузы — Ustilago zeae Ung.— 14— 20 дней, пыльная головня пшеницы — Ustilago tritici Jens. — около 12 месяцев.
Длина инкубационного периода для одной и той же болезни не остается постоянной, а колеблется под влиянием внешних условий, паразитической активности возбудителя и сортовых особенностей растения-хозяина.
Из внешних условий на длину инкубационного периода наибольшее влияние оказывает температура. Для возбудителя стеблевой ржавчины пшеницы — Puccinia graminis f. tritici инкубационный период в зависимости от температуры меняется так: при температуре 21,0° С — 7 дней, при 12° С — 12 дней, а при 4° С — 22 дня.
Способность возбудителя ржавчины в течение длительного времени оставаться в скрытом состоянии в тканях растения, имеет иногда большое значение для его перезимовки в поле. В зимнее время инфекция остается скрытой в растениях на поле, но уредопустулы образуются уже через 24 ч после наступления теплой погоды или после переноса растений в теплицу, при температуре 20—30° С.
На длину инкубационного периода может оказывать сильное влияние и свет. Так как высокая интенсивность света и длинный день, как правило, благоприятны для быстрого развития мицелия и обильного образования спор у ржавчинных грибов, то с усилением освещения укорачивается инкубационный период.
Продолжительность инкубационного периода зависит от сортовых особенностей растения. Поэтому длиной инкубационного периода можно пользоваться для определения степени устойчивости отдельных сортов растения по отношению к тому или иному патогенному организму. Более короткий инкубационный период при заражении какого-либо сорта растения, при прочих равных условиях, будет свидетельствовать о большой его восприимчивости по отношению к паразиту при сравнении с другими сортами этого растения.