В подавляющем большинстве случаев возбудители инфекционных болезней растений поселяются внутри растения-хозяина, т. е. интраматрикально, эндофитически, эндопаразитически.
Некоторым группам возбудителей, например вирусам и бактериям, вообще свойственна только эта форма заселения растений.
Некоторые паразитические грибы, наоборот, целиком или частично живут на поверхности своих растений-хозяев, т. е. экстраматрикально, эктопаразитически. Среди них имеются различные промежуточные формы, так что в целом создается непрерывный ряд, от условных или факультативных эктопаразитов до облигатных эпифитных паразитов.
В начале этого ряда стоят формы с воздушным мицелием, гифы которого при благоприятных условиях окружающей среды растут на открытом воздухе и, заражая растение-хозяина, оплетают его снаружи. Таковы возбудитель развивающейся под снегом бурой снежной плесени хвойных растений и возбудитель снежной плесени озимых хлебов (Fusarium nivale (Fr.) Ces.)
В более тесный контакт с растением-хозяином вступают гифы Corticium vagum, которые в рыхлой почве или в насыщенном влагой воздухе оплетают основания стеблей картофеля и постепенно их разрушают (белая ножка). Первичное заражение растений пшеницы грибом Оphiobolus graminis Sacc. (возбудитель болезни корневой шейки) в большинстве случаев также происходит не у поражаемого основания стебля, а в более или менее отдаленном месте корневой системы. От этого места гифы гриба экстраматрикально растут вдоль корня кверху, до основания стебля, где окончательно переходят к эндофитному образу жизни (вторичное заражение).
На более высокой ступени специализации стоят те возбудители, которые в живых зеленых листьях развиваются эктопаразитически между наружной стенкой эпидермиса и кутикулой (субкутикулярно) и лишь при отмирании листьев (или после него) приобретают способность к их интраматрикальному заселению. Таковы Endostigme inaequalis яблони), Endostigme pirina (Aderh.) Syd. (возбудитель парши груши) и Diplocarpon rosae (Lib.) Wolf (сажистый грибок розы). Хотя (Cke.) Syd. (возбудитель парши яблони), Endostigme pirina (Aderh.) Syd. (возбудитель парши груши) и Diplocarpon rosae (Lib.) Wolf (сажистый грибок розы). Хотя гифы этих паразитических грибов живут строго субкутикулярно и обычно не посылают гаустории в клетки эпидермиса, однако они отнимают у последних осмотическим путем достаточно питательных веществ, чтобы уже в эктопаразитическойфазе образовать обильно спороносящие субкутикулярные конидиальные ложа (побочная форма плодоношения). Плодовые же тела основной формы плодоношения — перитеции — закладываются интраматрикально, внутри разлагающейся ткани растения-хозяина.
Еще более высоко следует поставить мучнеросные грибы и тропические Perisporiaceae, которые поселяются исключительно на поверхности своего растения-хозяина и только здесь плодоносят. Экстраматрикальный, чаще всего бесцветный мицелий мучнеросных грибов посылает свои гаустории преимущественно в клетки эпидермиса. Ответвления гиф внутрь листа внедряются реже.
Подобным образом высшие Рseudosphaeriales при редукции интраматрикального мицелия переходят к эктопаразитическому образу жизни (на поверхности листьев) и приобретают при этом особый звездчатый габитус. Бурый мицелий этих грибов чаще всего лучеобразно разрастается над поверхностью листа и прочно прикрепляется к листовой пластинке посредством коротких, по большей части одноклеточных, часто правильно расположенных аппрессориевидных боковых ветвей — гифоподиев. Другие боковые ветви, стоматоподии, внедряются через устьица в мезофилл, разветвляются там и образуют, подобно придаткам Phyllactinia, многочисленные гаустории. У наиболее часто встречающихся представителей рода Meliola, который в числе примерно 300 видов паразитирует на листьях и плодах, реже на ветвях тропических и субтропических растений, вышеупомянутый звездчатый габитус так сильно выражен, что представителей этого рода неоднократно принимали за сапрофитных эпифитов, между тем как они являются эпифитными паразитами.