Планктон может быть использован также в качестве вспомогательного средства для районирования моря, которое имеет не только теоретический интерес, но и практическую ценность, связанную с рыбным промыслом, условиями плавания и т. п.
В решении этой задачи, помимо физико-химических методов, большую помощь может оказать характер распределения планктона. Возможность такого использования планктона основывается, во-первых, на том, что состав и распределение отдельных видов отражают всю сумму условий среды, изменяясь, коль скоро эти условия меняются, во-вторых, на том, что организмы, распределение которых связано с водами определенного происхождения, будут отсутствовать за пределами распространения этих вод. Таким образом, при смешивании вод различного происхождения гидрологические особенности отдельных категорий вод могут стереться, тогда как распределение планктона позволит выявить природу и происхождение водных масс и, следовательно, даст возможность произвести районирование моря.
Еще в конце прошлого века Клеве произвел для летнего сезона деление северной части Атлантического океана на районы по преобладанию в них того или иного типа планктона. Позднее Рассел на основании распределения показательных видов зоопланктона сделал то же самое для той же части Атлантического океана и для Северного моря.
Примеры удачного использования биоиндикаторов определенных водных масс при районировании моря имеются и в практике советских океано-графических исследований. Можно было бы указать на удачные попытки районировать Карское море по зоопланктону и Азовское море по фитопланктону, эти районы характеризуются своими особыми биоиндикаторами. Другим примером районирования по фитопланктону и донным диатомовым может служить Амурский лиман с его сложным и изменчивым режимом. Благодаря различному происхождению его вод в результате крайнего разнообразия в степени солености отдельных его участков мы здесь наблюдаем огромное разнообразие форм и тех экологических типов, на которые разбиваются они по их отношению к солености. На основании распределения солености и распространения форм различных экологических типов в летний период удалось установить в лимане 4 района, причем границы этих районов уточнены исключительно благодаря использованию биоиндикаторов.