Микрофлору кисломолочных продуктов, так же как и микрофлору молока, можно условно разделить на первичную, попадающую извне, и вторичную, развивающуюся при проведении всего технологического процесса.
Первичная микрофлора кисломолочных продуктов складывается из микрофлоры, вносимой с заквасками, и микрофлоры пастеризованного молока. Количество микроорганизмов, вносимых с заквасками, составляет обычно от 50 до 500 млн. клеток в 1 мл молока (колебания зависят от количества вносимой закваски и от наличия в ней жизнеспособных клеток). Общее количество посторонних микроорганизмов в пастеризованном молоке может достигать 50—500 тыс. в 1 мл, т. е. примерно в 1000 раз меньше, чем количество клеток, вносимых с заквасками.
В зависимости от состава микрофлоры заквасок кисломолочные продукты делят на следующие группы:
- приготовляемые с использованием многокомпонентных заквасок (кефир, кумыс);
- вырабатываемые с применением мезофильных молочнокислых стрептококков (творог, сметана, простокваша обыкновенная);
- изготовляемые с использованием термофильных молочнокислых бактерий (ряженка, варенец, йогурт, простокваша Южная, Мсчниковская);
- вырабатываемые с применением термофильных и мезофильных молочнокислых бактерий (любительская сметана, сметана с пониженным содержанием жира, напитки «Любительский», «Юбилейный», «Русский»);
- приготовляемые с использованием ацидофильных бактерий (ацидофильное молоко, ацидофильная паста, ацидофилин и др.).