Урожай кедровых орехов на дереве слагается из количества шишек, числа и массы полнозернистых семян в них. Основу его составляют шишки.
По этому показателю кедры в насаждениях сильно различаются. Варьирование выше в разновозрастных насаждениях, ниже в одновозрастных.
На изменчивость оказывает определенное влияние возраст, условия произрастания, сомкнутость древостоев, в большей мере — величина урожая в год созревания шишек. С увеличением возраста изменчивость деревьев в насаждении по количеству шишек уменьшается. В годы обильных урожаев она вдвое меньше, чем в слабоурожайные.
Наибольшую селекционную ценность представляют генотипы с высокими и относительно стабильными в многолетнем цикле урожаями. В кедровниках Северо-Восточного Алтая они наиболее часто встречаются в 161-200-летних среднеполнотных (0,5-0,6) насаждениях черневого (низкогорного) пояса, где имеются оптимальные условия для семеношения. Среднее количество шишек на них составляет 200-360 шт. (4-6 кг орехов). С поднятием в горы урожай у подобных кедров снижается: в средне-таежном поясе до 130-230 шишек (2,5-4,5 кг), в субальпийском — до 90-150 шт. (1-2 кг).
При клонировании могут быть использованы также высокоурожайные, но неравномерно плодоносящие особи, у которых очень высокие урожаи в отдельные годы сменяются низкими. В низкогорье Алтая на них в отдельные годы формируется 400-480 шишек (8—10 кг орехов), в среднегорье — 230-320 шт. (4,5-6,5 кг), в высокогорье — 170-270 шт. (2-3 кг), при среднемноголетнем количестве, соответственно, 240-290,130-180 и 120 шт.
Деревья этих двух категорий в естественных кедровниках встречаются редко — в зоне оптимума вида их не более 4—8%.