Вегетативное размножение сортов плодовых и ягодных растений не гарантирует неизменности вегетативного потомства. В вегетативном потомстве одного растения (клоне) под воздействием внешних и внутренних факторов происходят как наследственные, так и ненаследственные изменения. Плодоводы часто сталкиваются с модификациями — ненаследственными изменениями в вегетативном потомстве сортов плодовых и ягодных культур, возникшими под влиянием условий внешней среды. Перенос растений одного и того же сорта в несвойственные для него природно-климатические условия приводит к необычному проявлению отдельных признаков и свойств. Например, выращивание в горной местности сортов яблони Ренет Симиренко, Ренет шампанский, у которых отсутствует покровная окраска плодов, приводит к тому, что плоды приобретают яркий румянец под воздействием ультрафиолетовых лучей. Но при прививке взятых с этих деревьев черенков в равнинных условиях вновь вырастают особи с неокрашенными плодами.
Некоторые агротехнические приемы также могут вызвать изменения отдельных признаков и свойств у сортов плодовых и ягодных культур. При использовании карликового подвоя деревья яблони, груши, сливы становятся низкорослыми. Но выращенные на сильнорослых подвоях деревья из черенков, срезанных с таких карликов, вновь становится сильнорослыми. Фенотипические изменения растений одного сорта под воздействием условий внешней среды не наследуются. Однако у сортов плодовых и ягодных растений известны и длительные модификации, когда подобные изменения могут сохраняться при благоприятных условиях и в следующем вегетативном поколении. К числу длительных модификаций можно отнести различия в продуктивности растений и физиологических свойствах у плодовых деревьев, выращенных из черенков или почек, взятых с различных частей побега или кроны дерева. В следующем вегетативном поколении эти различия исчезали.
Вегетативное размножение более продуктивных или более крупноплодных растений способствует формированию этих свойств в вегетативном потомстве, а малоурожайные и мелкоплодные растения могут передавать эти свойства своему вегетативному потомству.
Особенно важно в процессе размножения сортов плодовых и ягодных культур избегать появления и распространения через вегетативное потомство наследственных изменений — мутаций. Это тем более варкно, что чаще всего мутационные изменения бывают отрицательными, ухудшающими сорт. Иногда встречаются и положительные мутации, но их отбор и размножение — дело мутационной селекции.
Сложность выявления мутаций заключается в том, что большинство из них затрагивают отдельные признаки или небольшое их число и они не всегда бывают легко отличимы на фоне модификационной изменчивости. Это так называемые микромутации. Такие микромутации, особенно по продуктивности, размерам плодов, накапливаясь в процессе бесконтрольного размножения, могут значительно ухудшить сорт и стать одной из причин его вырождения или потери производственного значения.
Ухудшение отмечено в процессе размножения многих мичуринских сортов плодовых культур, в частности яблони Пепин шафранный и груши Вере зимняя Мичурина. Форсированное, без проведения сортоулучшающего отбора размножение этих сортов привело к измельчанию плодов у сорта Пепин шафранный и ухудшило вкусовые качества плодов у сорта Вере зимняя Мичурина.
Особенно быстро может идти массовое накопление отрицательных мутаций у сортов земляники. Растения менее продуктивных микромутаций, как правило, более интенсивно размножаются, образуя большее количество рассады (земляника), чем высокопродуктивные растения. Естественно, что в популяции малопродуктивные потомства быстро вытесняют малочисленные потомства от продуктивных растений. Поэтому явление фенотипической и генотипической изменчивости при размножении новых сортов плодовых и ягодных растений необходимо учитывать.