На почвах с кислой реакцией микрофлора немногочисленна.
Подавлено развитие в основном азотфиксирующих бактерий; низка интенсивность процессов нитрификации. Известкование этих почв вызывает повышение численности азотобактера, в результате чего кислые почвы становятся густонаселенными активными штаммами Az. chroococcum. Этот прием наиболее эффективен при внесении фосфорных удобрений. В кислых почвах развитию азотобактера и повышению азотфиксирующей активности способствует внесение органических удобрений. В этих почвах почти не развиваются клубеньковые бактерии, поэтому бобовые культуры почти не образуют клубеньков. Внесение извести под бобовые культуры (люцерна) существенно повышает урожайность благодаря усиленному образованию клубеньков. Следовательно, приемы способствующие уменьшению кислотности, приводят к улучшению биологических свойств почвы, а также увеличению численности и активности азотфиксирующих бактерий. В кислых почвах процесс нитрификации протекает медленно и замедляется после внесения карбамида и других аммонийных удобрений. При известковании кислых почв нитрифицирующая активность резко возрастает.
На численность и активность микрофлоры сильное влияние оказывает засоленность почв. После мелиорации таких почв (внесение гипса, фосфорогипса и т. д.) резко повышается численность микрофлоры и меняется ее состав. Гипсование оказывает особенно сильное положительное воздействие на состав и активность аммонифицирующих и целлюлозоразлагающих бактерий. Засоленные почвы после гипсования по численности, составу микрофлоры и плодородию не отличаются от незасоленных почв соответствующей местности.
Тяжелые поверхностно переувлажненные почвы не создают условий для нормального течения многих биологических процессов, поэтому численность микрофлоры в пахотном слое резко снижается. Осушение этих почв и создание оптимального водно-воздушного режима способствуют заселению их микроорганизмами по глубине пахотного слоя, как и в других плодородных почвах.