При исследовании водорослевых пленок или почвенных образцов, заведомо богатых водорослями, целесообразно начинать с непосредственного просмотра небольшой порции почвы под микроскопом в обычных препаратах в капле воды.
Однако эти препараты мало наглядны, трудны для исследования при сильном увеличении (вследствие наличия крупных почвенных частиц) и не дают представления о всем многообразии содержащихся в почве форм; кроме того, в таких препаратах крайне затруднено определение водорослей до вида, требующее изучения тонкой структуры и размеров клеток и их частей. Поэтому главным методом выявления видового состава является метод культур.
При постановке культур почвенных водорослей пользуются общепринятыми приемами микробиологической техники, касающимися стерильности посуды, питательных растворов, воды и инструментов. Основным требованием является создание в культуре таких условий, которые были бы благоприятны для всех или большинства видов, находящихся в данной почве. В силу физиологической специфики водорослей как фототрофных организмов их выращивают либо непосредственно на почве, либо в минеральной питательной среде, но обязательно на свету. В первом случае исследуемая почва служит одновременно и объектом изучения, и питательным субстратом, во втором случае берется только небольшая порция ее для засева в культуру. Для роста культур используют естественный свет на северных или северо-восточных окнах (прямой солнечный свет вреден). В осенне-зимний период необходимо применять дополнительное освещение сильной электрической лампой (до 300— 500 вт). Удобны люминесцентные лампы БС и ТБС 30—40 вт. Однако даже при дополнительном освещении проявляется сезонная периодичность роста водорослей в условиях культуры. Поэтому в средней полосе СССР наиболее удобным временем для выращивания почвенных водорослей оказывается период от конца февраля до начала ноября. Все разнообразные методы культивирования почвенных водорослей можно свести к трем группам культур.