Сухие плоды после подсушивания обычно обмолачивают или протирают, освобождая и отделяя семена на семяочистительных машинах МОС-1 или СУМ-1 от примесей (коробочек, чешуек, створок бобов, остатков сережек, крылышек, а также от мусора, листвы, частей веток, земли и т. д.).
Сочные плоды и ягоды по возможности перерабатывают сразу после заготовки и только холодным способом, так как закисание и самосогревание резко снижает жизнеспособность семян. Семена из сочных плодов можно получать одновременно с изготовлением соков, сырья для варенья и джемов, но без тепловой обработки. Для извлечения семян из крупных плодов семечковых (яблони, груши, айвы) используют плододробилки, плодорезки и плодотерки, а также машину МИС-1. Плоды ореха грецкого, черного и других видов очищают от околоплодника на машине МОО-1, на фисташкоочистительной машине ФОК-М. Семена косточковых (вишня, терн, алыча, слива и др.) отделяют на косточковыбивальных машинах. Для получения семян из сочных плодов можно использовать и универсальную семяочистительную машину СУМ-1, а также метод раздавливания и растирания с последующей отмывкой их от мязги водой.