Различают карантин внешний и карантин внутренний.
Внешний, или международный, карантин имеет целью охранять территорию СССР от заноса и распространения возбудителей болезней, которые или совсем неизвестны у нас, или очень мало распространены в СССР. Внешний карантин распространяется на многочисленные материалы, ввозимые в СССР из-за границы: растения, плоды, овощи, корни, луковицы, семена, коллекции грибных и бактериальных болезней, сельскохозяйственное сырье, а также почва и тара.
Наиболее важными фитопатологическими объектами внешнего карантина, установленного для СССР, являются: картофельный рак (Synchytrium endobioticum Р.), бактериальный рак цитрусовых (Xanthomonas citriDowson.), бактериальный ожог, или цитронекроз цитрусовых (Pseudomonas citriputeale Stapp.), черный рак сливы (Plowrigthia morbosaSacc.), южная склероциальная гниль различных растений (Sclerotium Rolfsii Sacc.), стеблевая головня пшеницы (Urocystis tritici Liro) и др.
Внутренний карантин охватывает районы внутри страны и направлен на предупреждение дальнейшего распространения в пределах СССР тех болезней, возбудители которых имеют узко ограниченный ареал. Целью внутреннего карантина является организация обследований сельскохозяйственных культур для выяснения передвижения болезней из района, на который наложен карантин, борьба с распространением болезней растений внутри страны и регулирование передвижения растений и растительных продуктов в пределах страны.