К классу относится наибольшее число представителей.
Признаки видов этого класса перечислены при характеристике отдела. Система зигомицетов претерпевает существенную перестройку в связи с новыми данными геносистематики и более детальным исследованием онтогенеза и филогенеза отдельных групп. Так, к порядку Endogonales причисляли ряд грибов, образующих эндомикоризы. Позднее их выделили в отдельный порядок — Glomerales. В настоящее время они вынесены в самостоятельный отдел Glomeromycota (гломеромикота), с одним классом — Glomeromycetes (гломеромицеты).
Далее приведена характеристика некоторых порядков, семейств, родов класса Zygomycetes.
Порядок Mucorales (мукоральные), семейство Mucoraceae (мукоровые) (Mucor (мукор), Absidia (абсидия), Rhizopus (ризопус) и др.); семейство Pilobolaceae (пилоболальные) (Pilobolus (пилоболюс)).
Порядок Endogonales (эндогональные), семейство Endogonaceae (эндогоновые) (Endogone (эндогоне)).
Порядок Entomophthorales (энтомофторальные), семейство Entomophthoraceae (Entomophthora, возбудитель осенней болезни мух).