Классификация и построение филогенетической системы грибов относятся к наиболее сложным теоретическим проблемам микологии и фитопатологии.
В разное время были предложены нашими отечественными (X. Я. Гоби, Н. В. Сорокин, А. А. Потебня, И. JI. Сербинов, А. А. Ячевский, А. С. Бондарцев, П. Н. Головин и др.) и зарубежными (А. де Бари, А. Брефельд, Р. Саккардо, Клемент и Шир и др.) учеными различные схемы классификации этих организмов. Однако до сих пор нет филогенетической системы грибов, достаточно обоснованной и принятой всеми учеными.
В настоящее время наиболее распространена система, по которой все грибы как отдел растений (Fungi, или Eumycetes) делят на четыре класса.
I класс — фикомицеты (Phycomycetes). Мицелий преимущественно неклеточный (несептированный) со многими ядрами, у наиболее примитивных зачаточный или совсем отсутствует. Бесполое размножение зооспорами или спорангиоспорами. Половой процесс оогамия или зигогамия, а иногда в виде копуляции двух подвижных гамет. Продукт полового процесса зигота переходит в состояние покоя.
II класс — аскомицеты, или сумчатые грибы (Ascomycetes). Мицелий хорошо развитый, членистый. Основной орган спороношения — сумка, внутри которой развивается обычно по восемь сумкоспор. Бесполое размножение конидиями различной формы.
III класс — базидиомицеты, или базидиальные грибы (Basidiomycetes). Мицелий многоклеточный. Основной орган спороношения базидия, на поверхности которой экзогенно образуются обычно по четыре базидиоспоры.
IV класс — несовершенные грибы (Fungi imperfedi), или дейтеромицеты (Deuteromycetes). Мицелий такой же, как у сумчатых и базидиальных грибов, но размножаются только бесполым путем — конидиями. Половое спороношение неизвестно.