По своим действиям мутации делятся на морфологические, физиологические и биохимические.
Они могут изменять проявление любого внешнего признака, влиять на функции отдельных органов, рост и развитие организма, вызывать различные изменения химического состава клеток и тканей и т. д.
По проявлению мутации могут быть доминантными и рецессивными. Рецессивные мутации возникают значительно чаще, чем доминантные, причем последние проявляются сразу же — в гетерозиготном состоянии, а рецессивные только после того, как мутировавший ген окажется в гомозиготном состоянии.
По влиянию на жизнеспособность организма мутации делятся на полезные, нейтральные и вредные. Полезные повышают устойчивость организма к неблагоприятным внешним условиям, вредные тормозят нормальный ход жизненных процессов, понижают жизнеспособность организма. К последним относятся так называемые летальные (смертельные) мутации, обычно вызывающие гибель организма. Они могут быть и доминантными и рецессивными. Доминантные летальные мутации вследствие своего непосредственного проявления быстро отбрасываются естественным отбором. Рецессивные летальные мутации могут накапливаться в генотипе и проявляться в последующих поколениях. Пример рецессивных летальных мутаций — альбинизм у ячменя, кукурузы и других растений.