Систематика этого отдела очень противоречива на уровне практически всех таксонов.
1-й вариант. Царство Mycota (грибы), отдел Ascomycota (аскомикота, сумчатые грибы).
2-й вариант. Царство Mycota (грибы), надотдел Dicaryomycota (дикариомикота), отделы Ascomycota (аскомикота), Basidiomycota (базидиомикота). Сумчатые (Ascomycota) и базидиальные (Basidiomycota) грибы имеют общее происхождение, поэтому у них много общих черт (наличие дикариотической стадии, септированный мицелий, отсутствие подвижных стадий в развитии, образование плодовых тел, клеточная стенка хитино-глюкановая и др.). Поэтому рядом авторов эти два отдела объединены в надотдел Dicaryomycota (дикариомикота).
Классы. Количество и объем классов различны. Д. Хоуксворт в восьмом издании Словаря Дж. Эйнсворта и Г. Р. Бисби (Hawksworth et al., 1995) считает вполне уместным в настоящее время не выделять классы, а расположить все порядки по алфавиту. В девятом издании Словаря учитываются данные молекулярной геносистематики и выделяются несколько классов, некоторые из которых приведены далее.
Мы рассматриваем сумчатые грибы в ранге отдела Ascomycota царства Mycota (см. 1-й вариант), включающего ряд классов, в том числе:
- класс Saccharomycetes (сахаромицеты). Порядок Saccharomycetales (сахаромицетальные);
- класс Schizosaccharomycetes (схизосахаромицеты). Порядок Schizosaccharomycetales (схизосахаромицетальные);
- класс Taphrinomycetes (тафриномицеты). Порядок Taphrinales (тафринальные);
- класс Eurotiomycetes (эуроциомицеты, плектомицеты). Порядки Eurotiales (эуроциальные) и др.;
- класс Sordariomycetes (сордариомицеты). Порядки Hypocreales (гипокреальные) и др.;
- класс Leotiomycetes (леоциомицеты). Порядки Егу siphales (эризифальные), Helotiales (гелоциальные), Rhytismatales (ритизматальные) и др.;
- класс Pezizomycetes (пезизомицеты). Порядок Pezizales (пезизальные).