Климатические условия Салаиро-Кузнецкой горной области значительно отличаются от климата равнинной части Западной Сибири.
Эта область характеризуется холодной зимой с большой повторяемостью умеренно и значительно морозных погод. Каждый год температура может понижаться до -45 °С. Устойчивый снежный покров образуется во второй половине октября, а сходит в течение апреля. Лето в зависимости от высоты места умеренно прохладное или теплое. Со второй половины мая до конца августа — середины сентября средняя суточная температура превышает 10 °С. Сумма температур за этот период равна 1200-1800°. В это время года бывает большое число дней с туманом (до 20 °С в августе). В летний период выпадает 300-800 мм осадков при годовом их количестве 450-1050 мм.
Горный Алтай подразделяется на пять климатических районов: Южный, Западный (расположенный в пределах Казахстана), Северный, Центральный и Юго-Восточный.
Северный Алтай характеризуется умеренно холодной и холодной зимой. В периоды вторжения арктических воздушных масс образуются сильно морозные погоды, повторяемость которых невелика. При этих погодах ежегодно возможны понижения температуры до -35 °С. Довольно часты погоды с переходом температуры через 0, что связано с фоновыми явлениями. Продолжительность устойчивого снежного покрова равна 180-215 дням, высота же его в связи с пересеченным рельефом довольно разнообразна. Лето прохладное в горах и теплое в долинах. В долинах сумма температур выше 10 °С составляет 1200-1600°. Годовое число часов солнечного сияния достигает 1900. В летний период выпадает большая часть осадков (400-800 мм) при годовом их количестве 400-1000 мм.
В Западном Алтае (в зависимости от высоты и орографических условий) зима умеренно холодная или холодная. Смена воздушных масс происходит чаще, чем в Северном Алтае, так как сюда нередко проникают воздушные массы из Средней Азии. Средние абсолютные годовые минимумы температуры достигают -40 °С. Лето умеренно прохладное на больших высотах и умеренно теплое — в более пониженных местах. Сумма температур выше 10 °С доходит до 2200°.
Годовое количество осадков довольно разнообразно и на некоторых склонах достигает 1500 мм. Наибольшее их количество выпадает в теплый период (400-1000 мм).
В Центральном Алтае зима холодная, со средними абсолютными минимумами, доходящими до -45 °С. Такие низкие температуры обычно бывают в котловинах. В этом районе сильно развиты инверсии. Лето в высокогорье прохладное, в среднегорье — умеренно прохладное, а в низкогорье — умеренно теплое. Число часов солнечного сияния достигает 1750. Безморозный период в высокогорье отсутствует. Годовое количество осадков изменяется от 500 до 1600 мм.
Юго-Восточный Алтай, в зависимости от высоты места и особенностей орографии, характеризуется суровой, очень холодной зимой вследствие еще более развитых здесь процессов выхолаживания и большой приподнятости над уровнем моря. Средние абсолютные годовые минимумы достигают -50 °С.
В этом районе значительна вероятность жестоких и крайне морозных погод — до 15 дней в месяц. Снежный покров лежит до 230 дней и имеет высоту до 50 см. Зимой выпадает 25-150 мм осадков. Лето изменяется от прохладного на более высоких уровнях до умеренно теплого в долинах с довольно большой повторяемостью малооблачных погод. Число часов солнечного сияния велико — 2570. Безморозный период — 60 дней и менее.
Южный Алтай отличается от Западного и Северного более низкими температурами и большой повторяемостью сильно морозных погод, что связано с более выраженным антициютональным режимом зимой. Для этого района характерно преобладание штилей в зимний период года.