Цель клоновой селекции — путем выделения спонтанных мутантов и индуцирования искусственных мутантов создать новые ценные сорта. Разделом клоновой селекции является и поддерживающий отбор при размножении сортов, когда отбирают и удаляют из вегетативной популяции сорта все мутации.
Селекционеров привлекает улучшающий отбор — выделение полезных соматических мутаций, по отдельным признакам превосходящих исходный сорт. Такие мутации могут быть выделены как ветви в кроне дерева и как отдельные экземпляры, выросшие из черенков, взятых с мутантных экземпляров.
Большая морфологическая изменчивость у плодовых и ягодных растений даже в пределах одного растения может маскировать клоновую изменчивость, и наоборот, фенотипические изменения, принимаемые за клоны, могут оказаться модификациями. Поэтому необходимо научиться отличать соматические мутации от модификаций. Выявленные в кроне дерева отклонения от типичного образца по окраске, величине, форме, вкусу плодов, сроку их созревания, по укороченным междоузлиям и другим признакам изучают в вегетативном потомстве таких деревьев,
Особенно часто отбирают высокопродуктивные деревья. Однако вегетативное потомство таких деревьев в подавляющем большинстве случаев не показывает их преимуществ. В данном случае проявляется модификационная изменчивость. Для ускорения проверки вегетативного потомства таких деревьев практикуют прививку их в крону. Окончательное заключение о ценности клонов делают после нескольких лет плодоношения размноженных экземпляров.
Один из методов получения соматических мутаций — расхимеривание путем вызывания побегов из адвентивных почек. Адвентивные побеги, полученные из зоны, сформированной тканью с иной генетической структурой, позволяют получить мутацию с признаками, свойственными генотипу клеток этой ткани. Вызывать адвентивные побеги можно по методу Дермена из междоузлий побега, удаляя все пазушные почки, из частей корня, привитых в крону дерева. Образовавшиеся адвентивные побеги используют для размножения, прививая на подвои в питомнике или в крону деревьев. В связи с перспективностью отбора мутантов, превышающих типичный сорт по одному селекционно ценному признаку, проводится отбор лучших клонов для улучшения сортовых качеств некоторых особо ценных сортов. Кленовую селекцию проводят прежде всего у выдающихся стародавних местных сортов, обладающих большой изменчивостью вегетативных популяций.
Для клоновой селекции большой интерес представляет сорт яблони Антоновка обыкновенная. Большую вариабельность этого сорта изучал еще М. В. Рытов. Хотя не все описанные им формы Антоновки оказались ее мутантами (например, Антоновка каменичка), но по числу известных мутантов Антоновка в нашем сортименте сорт уникальный. Для производства представляют интерес Антоновка десертная и Антоновка сладкая.
Много имеет клонов поволжский сорт яблони Анис. Известны его клоны Анис алый, Анис серый и Анис розово-полосатый, выделенные В. К. Левошиным. Эти клоны представляют собой периклинальные химеры и могут образовывать побеги с признаками, типичными для другой разновидности Аниса.
Среди других клонов старых русских сортов яблони известно красноплодные клоны сортов Скрут — Скрут алый, Коричного — Коричное ананасное, Апорта-Апорт кроваво-красный. В. П. Симакин выделил красноплодные мутанты сортов Осеннее полосатое и Пепин шафранный.
Большое число мутаций выделено у американских сортов яблони Делишес, Голден Делишес, Мекинтош, Джонатан, Мелба и других. Однако выделено большое число мутантов и других сортов, в частности у известного сорта яблони Кокс-оранж пепин выделен ряд клонов — Чери Кокс, Кримсон Кокс, Ред Кокс, Кван Кокс. У сорта Джон Грив отобраны мутанты: Кримсон Грив, Ред Грив нойман, Роза мунд. Красноплодные клоны Боровинки — Красный дюшес Даниэля, сорта Двадцатифунтовое — Колламер и Гатчина, сорта Болдуин — Олимпия, сорта Гранин Смит — Спур Гранин Смит, сорта Гада — Рояль Гала, сорта Фудзи — Рояль Фудзи и др.
Большая работа по отбору и изучению мутантных клонов вишни, особенно сорта Любская, была проведена А. Н. Вельяминовым и А. Ф. Колесниковой. Были выделены более ранние и более поздние мутации. Однако по комплексу признаков они не имели существенных преимуществ перед исходным сортом и распространения не получили. Ценные мутанты выделены у сорта Гриот остгеймский X. К. Енюсеевым — сорт Гриот московский и у сорта Подбельская Н. В. Колесовым — Подбельская ранняя. В США несколько интересных мутантов выделено у сорта Монморенси, в частности с ранним и поздним созреванием плодов, поздним цветением, слаборослостью, высокой степенью самоплодности.
Во Франции большую работу по изучению клоновой изменчивости сливы сорта Венгерка ажанская провел Р. Бернар, который изучил вегетативное потомство лучших клонов этого сорта, отобранных на его родине — в окрестностях города Ажен. Сравнительное изучение этих клонов позволило выявить стабильные отличия между ними на сроки созревания плодов и их размеры. Были отобраны и рекомендованы для разведения три клона Венгерки ажанской GF 626, GF 698 и GF 707. Наибольшее распространение получил клон GF 707, у которого достоинства сорта Венгерки ажанской выражены особенно полно.
Кроме соматических мутаций в селекционной практике наблюдаются и генеративные мутации, то есть появление необычных форм при семенном размножении плодовых и ягодных растений. Эти мутанты резко отличаются по одному признаку или по комплексу признаков от родительских форм и являются новообразованиями, связанными с мутациями отдельных генов или блоков генов.
В США Д. Скоттом и Д. Айнком были выделены среди сеянцев ежевики бесшипые мутанты, давшие начало первым бесшипым сортам Смутсем и Торнфри. К. Д. Сергеевой, Т. С. Звягиной, Е. К. Киртбая и И. В. Поповой отобраны бесшипые формы крыжовника среди гибридных сеянцев сортов, имеющих шипы. Из их числа выделены бесшипые сорта Огни Краснодара, Краснодарец, Память Комарову, Колобок, Орленок, Сириус, Черномор и др.
Е. Н. Седов выделил слаборослые мутанты среди гибридов сильнорослых сортов яблони. Некоторые из них представляют практическую и селекционную ценность. На Крымской опытно-селекционной станции среди сеянцев и гибридов сильнорослых сортов сливы выделено несколько слаборослых мутантов. Два из них стали сортами — Кубанский карлик и Елген.
Перспективно использовать клоновый отбор и в селекции клоповых подвоев. Пример этого — селекция слаборослых подвоев яблони во Франции, где из клонов Парадизки 9 выделены два несколько более сильнорослых клона: Пожам 1 (Лансеп) и Пожам 2 (Сепилан), размножаемые в промышленных питомниках.