Аппарат современной конструкции состоит из цинковой ванны, снабженной пластинками из стекла, металла (медно-никелевого сплава) или нержавеющей стали, с круглыми отверстиями или продольными прорезями. Субстрат для проращивания семян (предпочтительно фильтровальная бумага) помещают поверх отверстий и поддерживают во влажном состоянии при помощи фитиля, который опущен от субстрата в ванну с водой. Каждое семенное ложе покрывают хорошо пригнанным колоколом с отверстием, которое обеспечивает вентиляцию без чрезмерно сильного испарения.
Всю установку помещают на прямом или рассеянном свету. Вода нагревается посредством электричества; температуру регулируют при помощи терморегуляторов. В практической работе применяются многочисленные модификации первоначального аппарата Якобсена, например копенгагенский аппарат, миниатюрный аппарат Якобсена и канадская модификация, в которой используется только флуоресцентный свет. В одном из аппаратов в качестве основания для субстрата применяют специальные цинковые охлаждающие пластинки. Эти пластинки помогают быстро менять температуру воздуха и субстрата, соприкасающегося с семенами.