При этом заболевании происходит частичное или полное отмирание корневой системы, побурение или почернение нижней части стебля, который легко ломается. На пораженных растениях наблюдаются белостебельность (в фазу трубкования и колошения) и белоколосость (в фазу молочной спелости); растения погибают или образуют щуплое зерно. Эта болезнь особенно распространена в предгорной зоне Северного Кавказа, в северо-западной зоне.
Причина корневой гнили озимой пшеницы — поражение подземных частей и корневой шейки растения грибами. Наиболее активными возбудителями корневой гнили являются Ophiobolus graminis Sacc., Cercosporella herpotrichoides Fron. O. graminis — сумчатый гриб. Его перитеции в виде черных точек образуются на листовых влагалищах нижнего междоузлия и в нижней части пораженного стебля. Сумкоспоры длинные, серповидно изогнутые или палочковидные с 3 перегородками.
С. herpotrichoides относится к классу несовершенных грибов. Этот гриб вызывает образование светло-бурых пятен в нижней части стебля на первом, реже на втором междоузлии; пятна окружены темной каймой. В месте образования пятна формируются мелкие черного цвета микросклероции. Конидиальное спороношение представляет собой пятна, состоящие из переплетения конидиеносцев и тонких игловидных многоклеточных конидий. Оба вида грибов перезимовывают на растительных остатках и в почве.