Степень развития корневой системы зависит от особенностей почвы. У древесных пород различают корневую систему двух типов: стержневую (глубокую) и поверхностную со слабым или почти не развитым главным корнем и поверхностно расположенными боковыми корнями.
В литературе имеются сведения о том, что у кедра в равнинных условиях на дренированных почвах образуется мощная корневая система со стержневым корнем и глубоко идущими боковыми корнями. На каменистых почвах, где вечная мерзлота расположена близко к поверхности, кедр имеет поверхностную корневую систему. В. А. Поварницын (1934), В. А. Иванов (1934) и В. А. Поварницын (1946) указывают на способность кедра образовывать придаточные корни, благодаря чему он может селиться на торфяниках с вечной мерзлотой.
П. К. Красильников (1956), работая в Центральных Саянах, довольно подробно описывает придаточную корневую систему кедра. Он отмечает, что интенсивное образование придаточных корней наблюдается у молодых растений. С возрастом и утолщением коры образование придаточных корней прекращается. П. К. Красильниковым отмечено, что в кедрачах зеленомошниках начинает формироваться придаточная корневая система после двухлетнего возраста. В 7—10 лет придаточная корневая система обгоняет корневую систему главного корня и становится основой для жизни кедра. К 15 годам корневая система главного корня прекращает свой рост. В 40—60 лет корневая система из поверхностной превращается в поверхностно-якорную, и образование придаточных корней прекращается». Только при наличии придаточной корневой системы кедровый древостой в условиях Центральных Саян достигает высоких бонитетов и дает деловую древесину. В этих условиях очень важным фактором, обусловливающим специфику развития корневой системы кедра, является моховой покров, достигающий 50—90 см мощности» (Красильников, 1956).
В условиях Прибайкалья образование придаточных корней у кедра явление не частое, мы находили подрост кедра с придаточными корнями, когда мощность мохового покрова достигала 30 см. В районе нашего исследования корневая система кедра поверхностная, главный корень слабо развит, и мощного развития достигают боковые корни, горизонтально расположенные в почве.
В насаждении длина боковых корней равна 3 м, на гарях боковые корни достигают длины 7 м.