Возбудитель — несовершенный гриб Fungus sterilis Winogr. Заражение семян происходит в период уборки урожая во влажную погоду.
На корнях проростков, подсемядольном колене и семядолях образуются точечные пятна и штрихи красно-коричневого цвета. При сильном развитии крапчатости пятнышки сливаются в сплошное пятно, семядоли делаются прозрачными и загнивают. Вокруг мест поражения развивается грязно-белый паутинистый налет. Проростки часто погибают, что приводит к сильной изреженности посевов. При поражении более взрослых растений болезнь менее опасна.
Крапчатость напоминает пораженность семядолей бактериозом или антракнозом. Однако для бактериоза характерна малиново-красная кайма вокруг язв, а для антракноза — образование на семядолях и корнях сухих плотных пятен оранжево-ржавого цвета.