Начало развития науки об иммунитете растений относится ко второй половине XIX в.
На развитие этой науки оказали влияние основные положения об иммунитете человека и животных к воздействию патогенов, развиваемые в то время И. И. Мечниковым.
Огромная роль в развитии фитоиммунологии принадлежит блестящим работам Н. И. Вавилова, который положил начало изучению ее генетической основы. Ему принадлежит первая в мире сводка «Иммунитет растений к инфекционным заболеваниям», положившая начало новому этапу в развитии учения об иммунитете растений. Н. И. Вавилов считал, что устойчивость к паразитам выработалась в процессе эволюции растений в центрах их происхождения на фоне длительного, в течение тысячелетий, естественного заражения патогенами. В результате растения приобретали гены устойчивости к возбудителям заболеваний, а последние, вследствие появления новых физиологических рас, приобретали свойства поражать устойчивые формы растений.
Работы Н. И. Вавилова дали мощный импульс для широкого развертывания работ по селекции растений на иммунитет к возбудителям заболеваний с помощью отбора и гибридизации. В разных странах были созданы сорта хлопчатника, устойчивые к фузариозному увяданию, сахарного тростника — к мозаике, капусты — к желтизне и т. д. Многие исследования в это время касались закономерностей наследования иммунитета.
В 40—60-е годы в СССР развернулись работы по селекции устойчивых к возбудителям заболеваний сортов сельскохозяйственных культур. П. П. Лукьяненко создал сорта пшеницы, устойчивые к бурой ржавчине. Были выведены сорта сахарной свеклы, устойчивые к мучнистой росе, ржавчине для разных зон. М. Ф. Терновский создал сорта табака, устойчивые к табачной мозаике и мучнистой росе. Была организована селекция на устойчивость картофеля к раку и фитофторе (А. Я. Камераз, Н. А. Дорожкин, П. И. Альсмик и др.), капусты — к киле (Б. В. Квасников), тыквенных — к ряду заболеваний (В. И. Тимченко), томатов — к болезням (Н. Н. Балашова), хлопчатника — к вилту (С. С. Канаш, С. М. Мирахмедов и др.).
В последние десятилетия общеизвестными стали представления М. С. Дунина (1946) об иммуногенезе, которые вскрыли основы возрастной устойчивости растений.
Б. П. Токин обосновал роль фитонцидов в иммунитете растений. Фитонциды — это главным образом летучие, физиологически активные вещества, выделяемые растениями, оказывающие токсическое воздействие на вредные организмы.
В. Ф. Купревич (1947) и А. Я. Кокин (1948) разработали вопросы, связанные с физиологией больного растения.
Основы биохимии и физиологии иммунитета растений заложили Б. А. Рубин и его ученики, а также Л. В. Метлицкпй и О. Л. Озерецковская. Б. А. Рубин и его, школа связывают реакции растений, направленные на инактивацию возбудителя болезни и его токсинов, с функционированием окислительно-восстановительных систем пораженного растения и энергетических систем клеток. Этими исследованиями было показано, что различные ферменты растений, регулирующие энергообмен, характеризуются разной степенью устойчивости к продуктам жизнедеятельности патогенных организмов.
Т. Д. Страхов показал, что в тканях растений, устойчивых к болезням, происходят регрессивные изменения патогенных микроорганизмов, связанные с действием ферментов растений.
Представления о неполной среде, выдвинутые американским микробиологом Е. Гарбером и нашим соотечественником В. П. Эфронмеопом, согласно которым паразит может размножаться лишь в том случае, если в его организме имеется полный набор генов, ответственных за продуцирование ферментов, белков и других веществ, необходимых паразиту для построения своего тела из веществ хозяина, объясняют определенным образом один из механизмов иммунитета.
Выдающуюся роль в развитии учения Н. TI. Вавилова о специализации патогенов сыграли работы П. М. Жуковского о сопряженной эволюции паразита и растения-хозяина, работы Т. И. Федотовой о сходстве белков у растения-хозяина и его патогена, а также работы американского фитопатолога X. Г. Флора о комплементарности генов устойчивости растений и генов вирулентности патогена.
Особую ветвь в фитоиммунологии представляют работы К. Мюллера, Л. В. Метлицкого и О. Л. Озерецковской и др., развивающих учение о фитоалексинах, т. е. о физиологически активных веществах, синтезируемых в растениях в ответ на вторжение патогенов и оказывающих на них губительное воздействие. Эти работы стали теоретической базой для развития исследований в области индуцированного (приобретенного) иммунитета.