Кобальт накапливается при магматических и гидротермальных процессах, а также в экзогенных условиях, связанных с формированием кор выветривания на ультраосновных массивах. Кларк кобальта 0,003%.
Кобальт по сравнению с никелем геохимически ближе Fe2+. Характерная валентность 3. Содержание кобальта увеличивается от кислых до ультраосновных пород (примерно в 100 раз), хотя отношение Co/Ni в этом направлении уменьшается. В скарнах и медноколчеданных месторождениях оно составляет 30. В осадочных породах содержание кобальта очень низкое и только в глинистых отложениях приближается к кларку (0,003%, или 30 г/т), а в осадках, содержащих гидроокислы железа и марганца, в ряде случаев колеблется от 0,1 до 2%. В экзогенных условиях при высоком окислительном потенциале кобальт переходит в трехвалентное состояние и концентрируется совместно с марганцем на поздних стадиях развития зоны окисления мышьяковых и сернистых соединений. В коре выветривания улътраосновных пород возникают асболаны и кобальтсодержащие псиломелан-вады (отношение Co/Ni 3). Многими исследователями отмечается относительное накопление кобальта в пирите и преобладание его над никелем при процессах метаморфизма.
Главные минералы кобальта (содержание Со в %): линнеит Co3S4 (40—53%), кобальтоносный пирит (Fe, Co)S2 (до 3), кобальтин CoAsS (26—34), глаукодот (Со, Fe)AsS (18), саффлорит CoAs2 (16—20), шмальтин (CoAs3-2) (2—20), сферокобальтит, Co(CO3) (45—47), стениерит (HCoO2) (до 60), асболан m (Co, Ni) O MnO2H2O (до 19), эритрин Co3 (AsO4)2∙8H2O (11—29) и др.