Кларк меди 0,01%. Больше всего ее содержится в основных породах (1,4∙10-2%), меньше в гранитах (3∙10-3%) и глинах (5,7∙10-3%). Медь — типичный халькофильный элемент, и в основном встречается в виде сульфидов. В природных соединениях медь одно- и двухвалентна. Двухвалентная медь, характеризующаяся высокой миграционной способностью в восстановительных условиях, реагирует с ионами CO32-, SiO32-, PO43- и VO43- и осаждается с образованием фосфатов, карбонатов и силикатов меди.
Эти соединения в зоне окисления возникают при условии небольшого содержания в рудах пирита либо в тех случаях, когда рудные тела залегают в известняках. В алюмосиликатных вмещающих породах, особенно при наличии в рудах большого количества пирита, медь может выноситься из зоны окисления почти полностью и концентрироваться в зоне вторичных сульфидов. Формы переноса меди зависят от конкретных геологических и геохимических условий. В кислой среде медь обычно мигрирует в виде сульфата, в карбонатно-щелочной (pH 8—8,5) — в виде тонкой взвеси карбонатных частиц. В. В. Щербина и А. И. Перельман считают, что при переносе меди и других химических элементов важную роль играют комплексные соединения, представленные как органическими, так и неорганическими (карбонатные, фосфатные и т. д.) веществами.
В природе известно более 240 минералов меди, из которых около 200 встречаются в коре выветривания. Главные минералы меди (содержание Cu в %): самородная медь Cu (100), халькопирит CuFeS2 (34,5) борнит Cu5FeS4 (63,3), кубанит Cu2FeS3 (22—24), халькозин Cu2S (79,8), ковеллин CuS (66,4), энаргит Cu3AsS4 (48,3), тетраэдрит Cu3SbS3 (52,1), теннантит Cu3AsS3 (57), куприт Cu2O (88,8), тенорит CuO (79,8), малахит Cu2(CO3) (ОН)2 (57,3), азурит Cu3(CO3)2(OH)2 (55,1), хризоколла CuSiO3∙nH2O (36,0), брошантит Cu4(SO4) (ОН)6 (56,2), атакамит CuCl2 ∙ 3Cu(ОН)2 (59,4).