Кларк ртути 8,3 ∙ 10-6. Ртуть в природе в основном находится в рассеянном состоянии и только 0,02% ее заключено в месторождениях. Содержания ртути в различных типах изверженных пород близки (около 1 ∙ 10-5%). Из осадочных пород максимальные концентрации ртути установлены в глинистых сланцах (до 2 ∙ 10-5%). В водах Мирового океана содержание ртути, по данным Н. X. Айдиньян, 1 ∙ 10-6 г/л. Важнейшей геохимической особенностью ртути является то, что в ряду других халькофильных элементов она характеризуется самым высоким потенциалом ионизации. Это определяет такие свойства ртути, как способность восстанавливаться до атомарной формы (самородной ртути), значительная химическая стойкость к кислороду и кислотам.
Ртуть присутствует в большинстве сульфидных минералов; особенно высокие ее содержания (до тысячных и сотых долей процента) устанавливаются в блеклых рудах, антимонитах, сфалеритах и реальгарах. Близость ионных радиусов двухвалентной ртути (0,11 нм) и кальция (0,106 нм), одновалентной ртути (0,149 нм) и бария (0,143нм) определяет их изоморфизм во флюоритах и баритах. В киновари и метациннабарите сера иногда замещается селеном и теллуром. Содержание селена часто составляет сотые и десятые доли процента. Известны крайне редкие селениды ртути — тиманнит (HgSe) и онофрит (смесь тиманнита и сфалерита).
Ртуть является одним из наиболее чувствительных индикаторов скрытого оруденения не только ртутных, но и различных сульфидных месторождений, поэтому ореолы ртути обычно выявляются над всеми скрытыми сульфидными залежами и вдоль дорудных разрывных нарушений. Эта особенность, а также незначительное содержание ртути в породах, видимо, объясняются высокой упругостью паров ртути, возрастающей с увеличением, температуры и определяющей высокую миграцию этого элемента в газовой фазе.
В зоне гипергенеза киноварь и металлическая ртуть растворимы в воде даже при отсутствии сильных окислителей, но при наличии их [Fe2(SO4)3, озон, перекись водорода] растворимость этих минералов достигает сотых долей грамма ртути на 1 л раствора. Особенно хорошо растворяется ртуть в сульфидах едких щелочей с образованием, например, комплекса HgS∙nNa2S. Ртуть легко сорбируется глинами, гидроокислами железа и марганца, глинистыми сланцами и углями.
В природе известно около 20 минералов ртути, но главное промышленное значение имеет киноварь HgS (86,2% Hg). В редких случаях предметом добычи служат самородная ртуть, метациннабарит HgS и блеклая руда — шватцит (до 17% Hg). На единственном месторождении Гуитцуко (Мексика) главным рудным минералом является ливингстонит HgSb4S7.
В зоне окисления ртутных месторождений образуются вторичные минералы ртути. К ним относятся прежде всего самородная ртуть, реже метациннабарит, отличающиеся от таких же первичных минералов большей чистотой состава. Относительно широко распространена каломель Hg2Cl2. На месторождении Терлингуа (шт. Техас, США) распространены и другие гипергенные галоидные соединения, например: терлингуаит Hg2C10 и элгестонит Hg4Cl.