Атолл Сен-Жозеф находится у северо-восточного края Амирантской банки. Его размеры 6,5 км по длинной оси и 4 км — по короткой, площадь около 25 км2.
Геоморфология о-ва Сен-Жозеф подробно описана, поэтому, не останавливаясь на деталях, мы лишь отметим, что наиболее характерным морфологическим элементом атолла является его мелководное кольцо — рим — шириной около 1 км.
За основу построения трофодинамической модели геосистемы атолла была принята упрощенная схема рифа, элементами которой являются фации. При этом геосистема рассматривается в изоляции от океана, вернее, учитывается только отдача вещества рифом и лишь частично — роль фито — и зоопланктона, практически не оценивается поступление органики из вод океана. Полевые измерения на атолле и в соответствующих ситуациях других рифов района позволили оценить величины энергетического «входа» и «выхода» — первичной продукции и дыхания каждой фации. Базой для расчетов послужили данные о продуктивности фаций и занимаемых ими площадях, полученные с использованием карты подводных ландшафтов атолла, сведения о проективном покрытии кораллами и макрофитами, а также результаты измерений фотосинтеза и дыхания перифитона и микрофитобентоса на обломках и песках.
Парагенетические ассоциации фаций лагуны занимают 20%, рима — 46% и внешнего склона — 34% площади атолла. Из рассчитанной общей суммы органического вещества, синтезированного в донных сообществах за сутки, — 45,9 т С — на долю лагуны приходится 20%, мелководного кольца — 48% и внешнего склона — 34%, т. е. их вклад пропорционален занимаемым площадям.
Основная доля органического вещества — 64% — синтезируется сообществами морских трав, из них в лагуне — 14% на риме — 40% и на внешнем склоне рифа — 10%. Соответствующие фации, обозначаемые общим названием «талассо-сегетий», занимают 32% площади атолла.
Перифитон и микрофитобентос фаций, характеризующихся песчано-обломочными грунтами, создают 25% продукции фотосинтеза геосистемы атолла: 5% — в лагуне, 12% — на риме, 8% — на внешнем склоне. На карте это фации центрального углубления лагуны (13% площади рифа), аккумулятивные поверхности мелководного кольца (22%), каналы и ложбины системы баттресс и рудерат (12%), глубоководные песчаные поля и аккумулятивный шельф рифа (6%), что в сумме составляет более половины общей площади атолла.
Оставшиеся 11% приходятся на фотосинтез сообществ кораллов, из которых более 10% обеспечивают коралловые фации внешнего склона — элат, патия, топия и сквамигер.
Соотношение P/R позволяет оценить сбалансированность автотрофных и гетеротрофных процессов в различных фациях и на рифе в целом. Для талассо-сегетия P/R стабильно превышало единицу (1,2 — в лагуне, 1,7 — на внешнем склоне, 1,4 — на риме), составляя в среднем для атолла 1,4.
Коралловые фации атолла были в основном гетеротрофны или близки к балансу P/R — 0,75 (0,85 — в лагуне, 0,87 — на риме и 0,73 — на внешнем склоне). Преобладанием дыхания характеризовались аккумулятивные поверхности рифа: P/R — 0,60 (0,62 — в лагуне, 0,57 — на риме и 0,62 — на внешнем склоне и шельфе рифа).
В целом автотрофные и сбалансированные фации атолла, занимая 34% его площади, производили 65% первичной продукции донных сообществ. Гетеротрофные фации, занимая 66%, обеспечивали 35% продукции фотосинтеза фитобентоса.
Несмотря на преобладание по площади гетеротрофных фаций, суммарное отношение P/R, равное для атолла 1,1, свидетельствует об автотрофности рифового комплекса и указывает на возможность небольшого вьшоса излишка органики или ее накопление в системе в период исследований.
Величина автотрофной продукции, получаемой в распоряжение гетеротрофов, соответствующая вкладу автотрофных компонентов в общий энергетический «вход» системы (39,0 т С в день), рассчитана как разность между валовой продукцией фотосинтеза рифа и дыханием его растительных компонентов, которое можно оценить, принимая, что оно составляет 15-20% от величины первичной продукции. При этом чистая продукция фотосинтеза рифа была 3.8 т С.