Практически все живые организмы можно разделить по структурно-морфологическому строению на две группы (надцарства, империи): прокариоты (доядерные) и эукариоты (ядерные).
Прокариоты (Procaryota) не имеют ядерной оболочки, хромосом. Настоящий половой процесс (мейоз) и митоз отсутствуют. Нет пластид, митохондрий, эндоплазматической сети, телец Гольджи, микротрубочек. В клеточной стенке может быть глюкопептид муреин. Жгутиков чаще всего нет либо они устроены просто. Пищевых вакуолей нет, но имеются газовые вакуоли. Многие могут фиксировать атмосферный азот, дыхание анаэробное и аэробное, чувствительны к антибиотикам, но устойчивы к облучению. К прокариотам относятся бактерии, актиномицеты, цианобактерии (сине-зеленые водоросли). Все остальные организмы относятся к эукариотам.
Эукариоты (Eucaryota) имеют ядро, окруженное мембраной, генный материал находится в хромосомах, состоящих из нитей ДНК и белков. Имеются настоящий половой процесс, мейоз и митоз. В клетках могут быть пластиды, митохондрии, эндоплазматическая сеть, тельца Гольджи, микротрубочки, пищевые вакуоли. Жгутики сложного строения. Как правило, эукариоты не фиксируют атмосферный азот, являются аэробами или вторичными анаэробами. Не чувствительны к антибиотикам, но чувствительны к облучению.
Другой принцип классификации организмов — эколого-трофический. В соответствии с ним выделяют царства: растения, животные, грибы. К растениям относятся автотрофные (фотосинтезирующие) организмы. В экосистемах они являются продуцентами. К животным относятся зоотрофные организмы, питающиеся другими организмами. Они составляют группу консументов. Для грибов характерно осмотрофное питание (поглощение веществ всем телом). Они являются редуцентами.
Примером реализации изложенного подхода при построении классификационных систем являются системы Р. Уиттекера (1969) — 2 надцарства, 5 царств, и A. Л. Тахтаджяна(1973,1976) — 2 надцарства, 4 царства.
К прокариотам относится царство монеры — Monera. Эукариоты объединяют четыре царства: растения, животные, грибы, различающиеся способами питания (фототрофный, зоотрофный, осмотрофный), способами развития, и царство протоктисты (Protoctista), или протисты (Protista), где сосредоточены организмы простого строения, имеющие чаще всего жгутиковые стадии в цикле развития. Отраженные на схеме отделы организмов, относящиеся к протистам, ранее рассматривались в составе царства грибы. Некоторые из них (Oomycota, Hyphochytridiomycota, Labirintulomycota) имеют мицелиальные талломы, а также другие морфологические структуры, сходные с грибами. Поэтому их называют грибоподобными протистами, грибоподобными организмами, псевдогрибами. Таким образом, грибы (в традиционном понимании) рассредоточены в двух царствах (протисты и грибы).
В более поздних системах грибы входят в состав нескольких царств. Так, Т. Кавалье-Смит (1998) предложил систему органического мира, состоящую из двух надцарств и шести царств. Прокариоты содержат одно царство (Bacteria), а эукариоты распределены между пятью царствами (Animalia, Protozoa, Fungi, Chromista, Plantae). Организмы, ранее относившиеся к царству Mycota (грибы в традиционном понимании), входят в состав трех царств: Fungi (собственно грибы), Chromista (хромисты, куда включены и многие водоросли), Protozoa (простейшие животные). Разделение грибов по трем царствам основано на ряде признаков (состав клеточной стенки, путь синтеза лизина, подвижность в вегетативном состоянии, строение зооспор и гамет), что соответствует их происхождению по трем самостоятельным эволюционным линиям (более подробно эти вопросы будут освещены в соответствующих разделах).
1. Царство Chromista включает водоросли (бурые, желто-зеленые, золотистые, диатомовые), а также грибоподобные организмы — Oomycota, Hyphochytridiomycota, Labirintulomycota, для которых характерно наличие зооспор с двумя гетероконтными жгутиками, гладким и перистым (у гифохитридиомицетов — один перистый). В клеточной стенке чаще всего присутствует целлюлоза, синтез лизина идет по типу автотрофных организмов (у лабиринтуломицетов лизина нет), митохондрии в основном с трубчатыми кристами.
2. Царство Protozoa наряду с простейшими животными составляет группа миксомицетов (Acrasiomycota, Dictyosteliomycota, Myxomycota, Plasmodiophoromycota), имеющих вегетативную амебоидную стадию, зоотрофное питание, в циклах развития — подвижные стадии (с двумя апикальными гладкими жгутиками), митохондрии в основном с трубчатыми кристами.
3. Царство Fungi, Mycota образуют грибы, не имеющие подвижных стадий (исключение — хитридиомицеты с одним гладким жгутиком). Основной компонент клеточной стенки — хитин, синтез лизина идет по типу животных, митохондрии с пластинчатыми кристами, диктиосомы отсутствуют.
Современные системы базируются в основном на данных молекулярной биологии, электронной микроскопии, биохимии. Количество надцарств (империй) и царств в этих системах значительно варьирует и достигает порой десятков. Особенностью указанных систем является то, что в состав даже одного царства входят растения (водоросли), животные (простейшие) и грибы.