Морская геоморфология принадлежит к числу наук, изучающих природу Земли.
В своих исследованиях морфология морского дна тесно связана с другими науками о Земле и широко пользуется их данными. Особенно тесны ее связи с геоморфологией и морской геологией. Собственно морфологии морского дна и образовалась из названных наук. Она сохраняет неразрывную связь и с океанографией, так как океанографические условия имеют определяющее значение для развития современных геоморфологических процессов на морском дне.
Широкие обобщения истории развития подводного рельефа в геологическом прошлом связывают морскую геоморфологию с палеогеографией, а необходимость морфотектонической интерпретации подводного рельефа определяет его связь с геотектоникой.
В вопросах изучения закономерностей конфигурации и распределения океанов и морей морфология морского дна связывается с общими проблемами планетарной геоморфологии и физической географии. Широко пользуясь при изучении геологического строения методами геофизических исследований, морфология морского дна привлекает данные об аномалиях силы тяжести, о скоростях распространения сейсмических и сейсмо-акустических волн, о температурном режиме земной коры и в особенности морского дна.