Метод мечения позволяет судить о запасе особей на участке с помощью индекса Линкольна, предложенного орнитологами (Linkoln, 1930), а для напочвенных беспозвоночных с успехом применявшегося Ван дер Дрифтом (Drift, van der, 1950).
На определенном участке, равномерно обставленном ловушками (порядка 30), вылавливается, метится и выпускается определенное количество животных, после чего проводятся контрольные учеты.
Для мечения объектов (крупных стафилинид и жужелиц) Ван дер Дрифт применял спиртовой раствор шеллака и ампутацию части надкрылий, которая, по его мнению, не сказывается отрицательно на насекомых и рекомендуется им больше, чем мечение лаком. В наших опытах жуков метили нитролаками и нитрокрасками с помощью стеклянного капилляра и прокалыванием надкрылий специальным пробником. Мечение красками удобно, поскольку позволяет использовать разные цвета и применимо для стафилинид с их небольшими опушенными надкрыльями. Такие метки надежно держатся в течение двух-трех недель (в лабораторных условиях сохранялись, пока жуки не погибали от естественных причин; в природе меченые жуки встречались спустя 1,5—2 мес. после мечения, однако число их в ловушках после 2—3 недель учета начинало закономерно убывать), что достаточно для проведения 3—4 последовательных учетов. Однако с неопушенных надкрылий жужелиц и мертвоедов такие метки в природе быстро сходят и для этих жуков лучше применять ампутацию или прокалывание надкрылий, варьируя число и положение меток.
Метод мечения несколько менее трудоемок, чем метод исчерпывания, и позволяет использовать данные общего учета. Мечение и выпуск особей можно производить как до начала учета, так й по ходу его, меняя с каждым новым мечением цвет и положение метки.
В настоящее время нельзя считать способы исчерпывания и мечения в применении к напочвенным беспозвоночным полностью разработанными и опыты в этом направлении нужно продолжать, сравнивая данные таких учетов по разным группам, в разных биотопах и т. д., а также сопоставляя их между собой и С раскопками или просеиванием субстрата.