Наиболее универсален, технически прост и применим при работах на почвах с разным механическим составом и разной степени окультуренности метод послойной выкопки и разборки проб почвы.
При раскопках во влажное время года и во влажных районах, оптимальным размером пробы следует признать принятый у нас в практике почвенно-зоологических исследований (Гиляров, 1941) и применяемый при работах по службе учета вредных насекомых размер пробы 0,25 м2 /(50 см X 50см). В аридных районах в сухие периоды года размеры отдельной пробы приходится увеличивать до 1 м2 (100 см X 100 см), а иногда и до 2 м2 (100 см Х 200 см), так как в таких условиях беспозвоночные уходят на значительную глубину, а вырыть яму с отвесными стенками при малой площади пробы — невозможно.
По этой же причине не следует уменьшать размеры пробы до 7 см2 (25 см Х 25 см); если пробу берут путем выкопки почвы лопатой — при таком способе взятия проб малой площади возрастает ошибка за счет увеличения площади стенок ямы. (При взятии пробы следует пользоваться прямоугольной лопатой (с незакругленным режущим краем). Лопата должна быть острой, хорошо отбитой и заточенной. Если раскопки проводят в местностях с щебнистой почвой (сланцевые, известковые и др. почвы, особенно в тарных местностях) лопаты, используют кирку или лому. При взятии пробы Целесообразно пользоваться обыкновенной лопатой для выкопки земли и саперной, с короткой ручкой, для выборки почвы и подравнивания дна ямы после выборки каждого слоя.
Поскольку численность вертикально мигрирующих крупных почвенных беспозвоночных в конечном итоге рассчитывается на единицу поверхности (на 1 м2), а при раскопках определяется число беспозвоночных во всем столбе выкапываемой пробы, пробу приходится брать до нижнего предела встречаемости почвенных животных. При достаточно высокой влажности в весеннее время бывает возможным ограничиться слоем глубиной до 30—50 ом, но в сухих местностях и, особенно, на легких почвах приходится брать более глубокие пробы, на глубину 100 и более см. Так, например, в степи под Курском в летнее время беспозвоночные (дождевые черви Eisenia rosea Sav., личинки долгоносиков, геофилиды) встречались до глубины 130 см. В песчаной сухой степи Аршань-Зельменя личинки пластинчатоусых и долгоносиков в июле встречались на глубине до 180 см. На песчаных террасах Донца близ Каменска-Шахтинского, где под слоем бедной песчаной почвы залегают погребенные гумусированные пески, личинки Hoplia и дождевые черви Eisenia gordejeffi Mich, на участке с песчаной растительностью и под посадками тополя встречались летом до глубины 230 см. В слое 180—230 см они были многочисленнее, чем в более поверхностных горизонтах. На необрабатываемых землях в Голодной степи личинки Prionus turkestanicus Sem. и Pleofiomus tereticollis Men. уходят на глубину около 2 м.
Приведенные примеры довольно редки. Чаще, особенно весной, крупные почвенные беспозвоночные держатся близ поверхности почвы (хотя известно, что еще Г. Н. Высоцкий обнаруживал ходы дождевых червей, доходящие до 8 м вглубь почвы).