Исследование почвенных водорослей состоит из двух этапов: выявления, или учета, самих водорослей, населяющих каждую данную почву, и последующего их изучения в тех направлениях, которые диктуются стоящими перед исследователем задачами.
Методы выявления водорослей в почве разделяются на методы определения их систематического состава и методы определения их количества. Разнообразные же приемы дальнейшего изучения почвенных водорослей (их морфологии, физиологии, биохимии и т. д.) здесь не обсуждаются, так как эти приемы не отличаются от тех, которые применяются по отношению к водорослям вообще и описываются в руководствах по систематике, по общей физиологии растений и т. п. Точно так же мы не ставим задачей рассмотреть приемы решения некоторых частных вопросов, связанных с проблемой жизнедеятельности водорослей в почве. Иными словами, здесь рассматриваются только методы учета почвенных водорослей. Эти методы, соответственно ступеням исследования водорослей в почве, распределяются на три группы: 1) сбор почвенных проб, 2) определение видового состава почвенных водорослей (качественное исследование), 3) количественный учет водорослей.