Фитопатогенные грибы можно культивировать на различных субстратах.
Если облигатные паразиты, например возбудители настоящих мучнистых рос и ржавчин, могут жить только на своих растениях-хозяевах, то остальные возбудители грибных болезней растут и на других субстратах. Питательные среды делятся на жидкие и твердые, а также на стандартные (пригодные для культивирования большей части необлигатных патогенных грибов) и специальные. Последние применяют для обеспечения оптимального развития специализированных патогенов или с заданной целью, например для массового получения определенных форм спор, сохранения возбудителей в течение длительного периода и т д.
По составу различают естественные субстраты (стерильные части растений, растительные экстракты, дрожжевой экстракт, картофельно-декстрозный агар), полусинтетические питательные среды (субстрат Леониана) и синтетические среды (агар Докса, питательный раствор Хеннеберга). Естественные субстраты, как правило, обеспечивают хороший рост, но их детальный состав неизвестен и поэтому они точно не воспроизводимы. Если фитопатоген очень долго растет на питательных средах, то их следует регулярно чередовать, чтобы по возможности задержать дегенерацию гриба. Из-за одностороннего питания у возбудителей ослабевает спорообразование, но прежде всего они теряют агрессивность, что может привести и к потере патогенности. Во избежание этого следует время от времени использовать пассажи через расстение-хозяина данного возбудителя.