Выделение бактерий из различных органов растений — листьев, корней, семян и др. — требует дифференцированного подхода.
В любом случае растительный материал тщательно моют, затем поверхностно стерилизуют путем погружения на 1—2 мин в водный раствор NaOCl (1:3) или в 0,1%-ный раствор сулемы.
Выделение из пятен на листьях и стеблях. Пятна на листьях или части стебля с подозрением на бактериальное поражение вырезают острым дезршфицированным скальпелем или ножом, захватывая здоровую ткань, и измельчают. Мацерат наносят штрихами на агар в чашках. Если поражены проводящие сосуды, то для выделения следует выбирать именно те части, на которых появились первичные симптомы. Части стеблей в стерильных условиях расщепляют вдоль, отбирают сосудистые ткани, мацерируют их и высевают на среду штрихом. При исследовании мясистых стеблей или клубней бактерии можно выделить, раздавив образец между пальцами и высеяв отжатый сок штрихом.
Выделение из корней, клубней и опухолей. Из корней и клубней бактерии выделяют так же, как из пятен на листьях и стеблях. Для поверхностной стерилизации корни и клубни после тщательного мытья под сильной струей воды можно погрузить в спирт и затем обжечь. Пораженные ткани мацерируют и высевают штрихом в чашки с питательной средой.
Выделение этим методом бактерий из опухолей, особенно из крупных или одревесневших, часто не удается. Более успешной оказывается пересадка маленьких мягких кусочков опухолей в ткани травянистых тест-растений. С этой целью маленькие V-образно вырезанные кусочки опухоли осторожно пересаживают в продольный надрез в стебле тест-растения, так чтобы трансплантат был полностью закрыт его тканью. Растения помещают на 2—3 дня во влажную камеру. Через 2—4 недели на месте надреза вместо каллуса развивается опухоль. Маленький кусочек опухоли отрезают стерильным ножом, тщательно промывают проточной водой и растирают в ступке с небольшим количеством воды или питательного бульона. Мацерат высевают штрихом в чашки с питательным агаром.
Выделение из семян. Если возбудитель находится под оболочкой семян, его выделяют так же, как из пятен на листьях или стеблях. При поверхностной контаминации семян поверхностная стерилизация исключается, возбудителя выделяют путем мацерирования или предварительного накопления.