Центральным элементом в механизме выработки условного рефлекса является образование временных связей между отдельными функционально обособленными группами нейронов.
И. П. Павлов был первым исследователем, который экспериментально подтвердил факт образования временной связи в процессы выработки условного рефлекса и попытался определить топографию этого процесса. Его первые исследования говорили о том, что временные связи образуются в коре больших полушарий между группой нейронов, воспринимающих действие условного раздражителя и корковым представительством центра безусловного рефлекса. Безусловный раздражитель, имеющий нервный центр в подкорковых образованиях головного мозга, обязательно имеет свое представительство еще и в коре больших полушарий.
Более поздние исследования показали, что выработка условных рефлексов возможна и у декортицированных животных (собак, кошек). У низших позвоночных кора не развита и временные связи образуются в других (подкорковых) структурах головного мозга. Так, у птиц и пресмыкающихся к механизму установления временных связей имеет отношение полосатое тело. Образование временных связей при выработке условных рефлексов у представителей класса рыб происходит в мозжечке и среднем мозге.
Однако даже у низших позвоночных под термином «временная связь» скрывается сложное многоуровневое явление. Фактически при выработке условного рефлекса временная связь устанавливается между корковыми (или мозжечковыми, диэнцефальными высшими структурами) представительствами двух безусловных рефлексов. Условный рефлекс представляет собой результат синтеза двух и более безусловных рефлексов.
Рефлекторная дуга безусловного рефлекса, по данным Э. А. Асратяна, представляет собой многоуровневое образование, где нервные элементы коры составляют центральную часть этой дуги. Однако, помимо коры, она включает структуры спинного мозга, продолговатого мозга, ствола, среднего мозга, а также подкорковых образований.
Следовательно, и корковая временная связь условного рефлекса — это лишь часть морфофункциональных изменений, возникающих в центральной нервной системе в процессе выработки условного рефлекса. Временные связи возникают и между отдельными центрами подкорковых структур.
Поэтому образование условных рефлексов происходит и у собак, лишенных коры.
Правда, такие рефлексы достаточно просты. Это условные рефлексы на свет или на звук. Инструментальные условные рефлексы, требующие активизации двигательной коры, выработать у животных с поврежденной корой невозможно.
Образование временных связей между отдельными структурами головного мозга происходит и по вертикали, т. е. имеет место замыкание электрических цепей между корой и подкорковыми структурами. Временные условные связи образуются между группами нейронов в коре и лимбической системе, между корой и базальными ганглиями, между корой и ретикулярной формацией. Поэтому многие условно-рефлекторные реакции животных имеют яркую эмоциональную окраску (через лимбическую систему) и активизируются с пробуждением животного (влияние гипоталамуса и ретикулярной системы).
Скорость и сила условных связей зависит от уровня возбудимости нервной системы. И. П. Павлов отмечал, что образование условных рефлексов происходит только в состоянии бодрствования животного. Позже Ю. Конорский выделил два вида деятельности центральной нервной системы в процессе образования условного рефлекса: подготовительную и исполнительную. Первый связан с мотивационным состоянием животного, а второй — с собственно условно-рефлекторной активностью.
Некоторые исследователи подготовительную деятельность склонны рассматривать как фазу тонических рефлексов. Имеется в виду, что обстановка, в которой происходит выработка условного рефлекса, равно как и внутреннее мотивационное состояние животного, придают определенный тонус нервным центрам, которые будут участвовать на стадии исполнения рефлекса.