Межсортовая гибридизация использует первое поколение гибридов между свободноопыляющимися сортами кукурузы в качестве способа получения более высоких урожаев.
Американские индейцы, вероятно, использовали гибридизацию задолго до прихода белого человека. Их религиозные церемонии приводили к полуконтролируемому смешиванию форм кукурузы с разной окраской эндосперма.
Наиболее древние методы улучшения кукурузы касались лишь початка. Бидуелл (1867) указал на значение отбора как пыльцы, так к початков для улучшения кукурузы. Около 1876 г. Бил также подчеркивал значение отбора пыльцы. Бил для повышения урожайности скрещивал свободноопыляющиеся сорта кукурузы. Его межсортовые гибриды при испытаниях в течение трех лет превосходили по урожайности своих свободноопыляющихся родителей. Результаты Била вызвали значительный интерес к межсортовой гибридизации. Морроу и Гарднер описали методику получения гибридных семян F1. Возможности межсортовой гибридизации изучались и многими другими исследователями.
Полученные при межсортовой гибридизации результаты оказались довольно противоречивыми. Ричи суммировал данные по 244 сравнительным опытам. Из этого числа 82% давали более высокий, а 18% — более низкий урожай, чем средняя урожайность родителей. Возможно, 10% межсортовых гибридов были урожайнее лучших местных сортов. В общем, наиболее высокоурожайными были гибриды, родительские сорта которых являлись высокоурожайными, сильно различающиеся по типу початка. Скрещивания кремнистых или крахмалистых форм с зубовидными обычно давали увеличение урожайности. Скрещивания двух зубовидных сортов были менее выгодны. Некоторые межсортовые гибриды оказались хороши в Нидерландах, Югославии и Мексике.
Лонквист и Гарднер сообщили о гетерозисе межсортовых гибридов кукурузы. Средняя урожайность родителей варьировала от 34,53 до 60,90 ц/га, тогда как урожайность F1 колебалась от 51,48 до 67,17 ц/га. Средний гетерозис по отношению к среднему для родителей значению был 108,5%, а по отношению к лучшему из родителей — 102,8%. Наиболее высокая урожайность в F1 (67,17 ц/га) была получена от скрещивания двух синтетических сортов второго цикла отбора. Средняя урожайность стандартного гибрида US 13 составляла 65,92 ц/га.
Молл и др. сообщали о гетерозисе и генетическом разнообразии у межсортовых гибридов кукурузы. Они использовали по два сорта из каждого из трех географических районов: юго-востока США, среднего запада США и Пуэрто-Рико. Для исследования генетического разнообразия и гетерозиса при межсортовой гибридизации сорта скрещивали во всех возможных сочетаниях. Вывод о степени генетического разнообразия сортов делался на основании происхождения родителей и степени их географической отдаленности. Полученные результаты показали, что большее генетическое разнообразие родительских сортов было связано с большим гетерозисом в межсортовых гибридах. Авторы пришли к заключению, что скрещивания далеко разошедшегося материала могут быть потенциально полезны для увеличения урожайности, несмотря на то что сорта из отдаленных районов плохо приспособлены к местным условиям.
Межсортовые гибриды никогда не высевали на большой площади для промышленного использования, так как результаты были противоречивы, метод был более сложен, чем массовый отбор, каждый год необходимо было получать новые гибридные семена, межлинейные гибриды оказались более продуктивными.
Метод межсортовой гибридизации был шагом вперед в селекции кукурузы, поскольку он рассматривал обоих родителей, избегал инбридинга и часто повышал урожайность.