Созревание сыров происходит при участии сычужного фермента и молочнокислых бактерий. Из посторонней микрофлоры могут проявлять себя лишь кишечная палочка (в начале созревания) и маслянокислые бактерии (в более поздние периоды созревания). В созревании советского и швейцарского сыров принимают участие также пропионовокислые бактерии, латвийского — слизистые бактерии, плесневых сыров — плесени.
Развитие микрофлоры в сыре зависит, прежде всего, от количества удаленной сыворотки, т. е. степени обработки зерна. С одной стороны, удаление сыворотки ведет к удалению молочного сахара, а, следовательно, и подавлению микробиологических процессов, с другой — удаление сыворотки способствует обогащению среды белками, что вызывает интенсификацию микробиологических процессов. Когда эти противоречия уравниваются, наблюдается оптимум для развития микробиологических процессов. В обе стороны от этого оптимума идет понижение интенсивности молочнокислого процесса.