В процессах разложения минералов принимают участие различные микроорганизмы — бактерии, грибы, актиномицеты, водоросли и т. д.
Бактерии носят общее название силикатных (Александров, 1953), грибы представлены видами рода Penicillium и Aspergillus.
Деструкция минералов осуществляется при непосредственном или косвенном участии микроорганизмов. При помощи ферментов, выделяемых в почву, или микробной слизи происходит разрушение кристаллической решетки минералов и освобождение химических элементов. Наиболее часто в результате ферментативных реакций разрушаются минералы, содержащие серу, железо и марганец. Микроорганизмы плотно покрывают минералы и своими продуктами метаболизма их разрушают.
Некоторые автотрофные бактерии (нитрифицирующие, серобактерии и др.) в процессе жизнедеятельности выделяют серную и азотную кислоты, разрушающие минералы. Кислоты также образуются гетеротрофными микроорганизмами и некоторыми микроскопическими грибами. Наиболее активно разрушает минералы группа так называемых силикатных бактерий. Эти бактерии выделяют о-дифенол, вступающий в реакцию с некоторыми элементами материнской породы, в результате чего образуют комплексные соединения. Комплексообразование — основной фактор мобилизации фосфора. По данным Аристовской, некоторые железобактерии образуют с минералом лимонитом комплексные соединения, позволяющие извлекать железо из материнской породы.
По мнению некоторых исследователей, большое влияние на разрушение труднорастворимых минералов оказывает хелатообразование.
Органические соединения, выделяющиеся в процессе жизнедеятельности микроорганизмов, либо взаимодействуют с элементами минералов, образуя комплексные соединения, либо непосредственно действуют на минералы, вызывая их разрушение. Среди основных продуктов метаболизма микроорганизмов сильными растворителями являются муравьиная, уксусная, пропионовая, лимонная и другие кислоты. Важную роль в процессе растворимости играют фенольные соединения и гуминовые кислоты. Низкомолекулярные кислоты — наиболее сильные растворители. Они не накапливаются в почве, а сразу же используются определенными группами микроорганизмов. Несмотря на это, количество этих кислот необходимо также принимать во внимание, поскольку оно значительно при минерализации органических остатков в почве.
Некоторые микроорганизмы накапливают также метаболические продукты щелочного характера. Муромцев считает, что труднорастворимые фосфаты разрушаются под воздействием щелочных продуктов метаболизма некоторых бактерий. Кутузова пришла к выводу, что биологическим путем в почве накапливаются карбонаты, значительно повышающие щелочность почвы. По данным Аристовской, минералы разрушаются также под влиянием аммонифицирующих бактерий, уробактерий и т. д., способных образовывать такие сильные восстановители, как водород, сероводород, метан и другие соединения, участвующие в разрушении минералов.
Таким образом, микрофлора почвы принимает участие в разрушении многих минералов, обогащая почву усвояемыми питательными веществами из материнской породы.