Фосфор в почвах содержится в органической (85%) и минеральной формах. Он входит в состав фитина, нуклеиновых кислот, нуклеотидов, лецитина и гумуса.
В почву фосфор поступает в окисленной форме с растительными и животными остатками. Микроорганизмы участвуют в минерализации органических фосфорных соединений и переводят их в доступную для растений форму.
В минерализации органических фосфатов (фитина, фосфолипидов, нуклеопротеидов и т. д.) участвуют бактерии родов Pseudomonas, Bacillus; семейства Actinomycetaceae и грибы рода Penicillium и др. Особенно большое количество органических фосфатов накапливается при внесении в почву фосфорных удобрений или при достаточном обеспечении почвы усвояемым фосфором. Тогда происходит так называемая биологическая иммобилизация фосфора: усвояемый фосфор используется микроорганизмами и включается в органические соединения микробной клетки. Установлено, что 8—10% фосфора, внесенного с удобрениями, подвергается иммобилизации.
Большие количества фосфора входят в состав почвенных минералов и недоступны или слабо доступны для растений. Многие микроорганизмы способны переводить такие соединения в растворимые формы. К ним относятся бактерии рода Bacillus (В. megaterium), грибы родов Penicillium,
Aspergillus и др. Некоторые микроорганизмы косвенно помогают этому процессу, выделяя кислоты, которые превращают фосфаты в растворимые формы. В процессе жизнедеятельности нитрифицирующих бактерий выделяется азотная кислота, а серобактерий — серная. Эти кислоты способствуют растворению нерастворимых фосфорных соединений в почве. Фосфорные бактерии играют важную роль в обеспечении растений усвояемым фосфором.
Результаты исследований, проведенных в Болгарии, показывают, что численность фосфорных бактерий в почвах этой страны достаточно велика. Они распространены в большом количестве в ризосфере многих культур и играют важную роль в фосфорном питании некоторых растений.