Увеличительные стекла в качестве инструмента научных исследований начали применяться, как показывает история науки, только в конце XVII в., однако изобретены они были значительно раньше.
Значение луп и микроскопов долгое время недооценивалось учеными. Микроскопические наблюдения как научный метод получили всеобщее признание только в XIX в. Основную роль в этом отношении сыграло создание клеточной теории. Именно теория определила интерес к микроскопическим наблюдениям и заставила ученых всего мира признать учение о клетке одним из кардинальных фактов, лежащих в основе общих биологических представлений.
Микроскоп — это, вероятно, самый широко распространенный инструмент биолога. Микроскоп внес в биологию очень много нового и специфического, с его помощью был создан особый раздел науки о жизни — микроскопическая анатомия животных и растений (цитология и гистология). Таким образом была открыта новая область видения: микроскоп, как нередко говорят, «сделал доступным наблюдению новый мир». Микроскопические наблюдения после открытия живой клетки заставили резко изменить взгляд на природу материи. Но понадобилось более двух веков, чтобы прийти к представлениям о живой клетке как элементарной структуре.
По этим причинам история открытия и развития микроскопа как физического прибора представляет для истории биологии выдающийся интерес.