Способность микроорганизмов трансформировать органические соединения, в том числе и пестициды, до неорганических.
В этом случае пестициды используются в качестве энергетического субстрата.
Выделяется две фазы разложения: лаг-фаза и фаза быстрой деградации пестицида. Длительность лаг-фазы возрастает с увеличением концентрации пестицида. Для фазы быстрого разложения установлена линейная зависимость между концентрацией пестицида и скоростью минерализации (Tarradellas et al., 1997; Ашихмина и др., 2010).
Минерализация пестицидов осуществляется в основном бактериями родов Achromobacter, Alcaligenes, Bacillus, Flavobacterium, Pseudomonas.
Часто полная деградация пестицидов ускоряется за счет кооперации микроорганизмов, когда одни виды в качестве субстрата используют продукты деструкции пестицида, образованные другими видами микроорганизмов.