Важная особенность функционирования корневой системы дерева — контактирование ее с почвой, откуда постоянно поглощаются вода и питательные вещества.
В результате непрерывности почвообразовательного процесса постоянно высвобождаются питательные элементы в доступных для растений формах. Водные растворы этих элементов в соответствии с законами физики мигрируют в почве, передвигаясь из зон с большим градиентом увлажнения в иссушенные зоны. Всасывающая часть корневых систем на протяжении вегетационного периода поглощает воду из той зоны почвы, которая непосредственно с ней контактирует, что стимулирует приток почвенной влаги в эту зону. Однако при этом растение может находиться в условиях недостаточной обеспеченности питательными веществами. Новые порции почвенной влаги и питательных веществ, поступающих в зону влияния всасывающих корней, могут быть меньше потребности растения и интенсивности поглощения их корнями, что усугубляется с увеличением сухости почвы. В условиях достаточного увлажнения также не всегда питательные вещества могут присутствовать в почве в достаточном количестве. Любому типу почвы свойственна неравномерная концентрация потенциальных запасов питательных веществ. Например, большая их концентрация наблюдается в мертвых органических остатках (корнях, трупах почвенной мезофауны и т. д.), в ходах землероев, заполненных более гумусированной почвой, и т. д. В таких микрозонах наблюдается более высокая концентрация скопления питательных веществ в почвенных растворах.
Под влиянием хемотропизма направление роста корней ориентируется к этим зонам. После использования содержащихся в них запасов влаги и питательных веществ направление роста корней вновь изменяется в сторону большей концентрации питательных веществ.
Таким образом, одним из решающих факторов обеспечения необходимого контактирования запасов питательных веществ и всасывающей части корневой системы является поступательное движение всасывающей части корневой системы. Контактирование корней и почвенных частиц проявляется тем эффективнее, чем большая всасывающая поверхность корней представлена в данном объеме почвы. Но всасывающая поверхность корней является производной длины и диаметров тонких физиологически активных корней, поэтому интенсивность контактирования корней с почвой зависит от характера их пространственного размещения.
Поскольку тонкие корни являются окончанием скелетных корней, их положение в почвенном пространстве зависит от положения скелетных корней корневой системы, т. е. пространственная структура скелетной основы корневой системы является важным элементом, характеризующим жизнеобеспеченность дерева.
Моделирование пространственной структуры корневых систем деревьев — задача сложная. Упрощенно ее можно представить характеристикой расположения структурных групп корней в их горизонтальной и вертикальной ориентации в почвенном пространстве.