Слоевища лишайников весьма разнообразны и отличаются друг от друга размерами, окраской, формой.
Окраска лишайников связана с наличием различных пигментов зеленого, синего, фиолетового, красного, коричневого цвета. На интенсивность окраски влияет свет. Иногда цвет лишайников зависит от лишайниковых кислот, кристаллы которых обычно прозрачны, но могут быть желтого, оранжевого, красного цвета. Их синтез связан с интенсивностью освещения, и они откладываются на поверхности гиф. Возможно, наружные окрашенные слои выполняют защитную функцию, предохраняя клетки водорослей. Обычно ярко окрашены лишайники высокогорий и полярных районов Арктики и Антарктики.
Размеры слоевищ лишайников варьируют от нескольких миллиметров до десятков сантиметров. Особенно длинные слоевища, до нескольких метров, у повисающих кустистых лишайников (род уснея (Usnea)).
По форме таллома лишайники могут быть объединены в три основные группы: накипные, листоватые и кустистые. Между этими основными формами существует много переходных форм.
Накипные лишайники прочно срастаются с субстратом нижней поверхностью слоевища и могут иметь вид порошкообразного налета, бугорков или зернышек, плотных корочек. Поселяются такие лишайники на каменистых субстратах в горах, на коре деревьев и древесине. Особенно суровые условия складываются для лишайников, обитающих на скалах, где перепад дневных и ночных температур может быть до 70°С (от 60…70°С днем до 0°С ночью). Основной источник влаги для них — роса. Различают несколько вариантов накипных лишайников:
лепрозное слоевище. Получило название от рода лепрария (Lepraria). Это наиболее примитивный тип слоевища в виде белого или желтого порошкообразного налета на коре деревьев или на скалах. Гифы гриба оплетают клетки водорослей без определенного порядка;
однообразно-накипной таллом в виде корочек с цельной поверхностью;
трещинковатый накипной таллом. Поверхность корочек с трещинками, особенно у слоевища в сухом состоянии. Такая структура способствует быстрому поглощению воды;
ареолированный таллом. Состоит из отдельных бугорков (ареолы), которые могут находиться на общей корочке — подслоевище, которое не содержит водорослей и отличается по цвету от слоевища;
чешуйчатый таллом (иногда рассматривают как переходный к листоватому слоевищу). Ареолы уплощены в виде чешуек. Таллом похож на черепитчатую крышу.
Накипные лишайники могут быть гомеомерными и гетеромерными.
Листоватые лишайники имеют форму почти цельных или рассеченных пластиночек, прикрепленных к субстрату разными способами (ризоиды, ризины, гомф). Для них характерен радиальный рост. В слоевище выражены обычно три слоя, иногда — четыре, как у пельтигеры (Peltigera).
Листоватые талломы могут быть представлены одной пластинкой, прикрепляющейся к субстрату с помощью короткой ножки — гомфа. Например, умбиликария (Umbilicaria). Или таллом расчленяется на отдельные лопасти, например у пельтигеры (Peltigera), лобарии (Lobaria), гипогимнии (Hypogymnia). Прикрепление к субстрату осуществляется посредством ризин, ризоидов.
Кустистые лишайники. Само название говорит о том, что эти лишайники могут быть в виде кустиков, вертикально расположенных на субстрате или свисающих с него. Широко распространены в таежной зоне, но особенно их много в тундре, где образуют сплошной покров под названием ягель.
Обычно такие лишайники прикрепляются к субстрату ризоидами. Кустистые лишайники могут быть с округлыми (радиально-кустистый таллом) или плоскими (уплощенно-кустистый таллом) лопастями. Радиально-кустистый таллом характерен для многих видов рода кладония (Cladonia), уплощенно-кустистый — для рода эверния (Evernia). Существует множество переходных форм от листоватых лишайников к кустистым. По периферии таллома располагается кора. Коровой слой может быть сплошным и разорванным, что является диагностическим признаком. Центр может быть полым, заполненным рыхлой сердцевиной из однородных гиф (алектория (Alectoria)), заполненным плотным тяжом из склеенных гиф (уснея (Usnea)).
Особым строением отличаются лишайники рода Cladonia, у которых выделяют нижнюю часть (первичное слоевище) в виде накипной корочки или чешуек. На первичном слоевище вырастают вертикальные веточки — вторичное слоевище, или подеции. Подеции могут быть ветвящиеся и неветвящиеся. Неветвящиеся могут быть палочковидными, в виде кубка. Кубковидные веточки называются сцифы (сцифовидные подеции). На них в дальнейшем развиваются апотеции и пикнидии. Первичное слоевище сохраняется в течение всей жизни лишайника или рано отмирает.