Основной задачей селекции кресс-салата является создание высокоурожайных сортов с высоким содержанием витаминов (аскорбиновой кислоты и каротина) и хорошими вкусовыми качествами.
Одним из направлений при решении этой задачи является выведение сортов с поздним и замедленным стеблеванием, что удлиняет срок потребительской годности растения и создает возможности для большего накопления урожая с единицы площади. Для создания таких сортов в качестве исходного материала можно использовать представителей сортотипа Цельнолистный, характеризующихся относительно поздним стеблеванием, высокой урожайностью и повышенным содержанием каротина.
Другим направлением селекции кресс-салата является создание сортов с крупными, дваждыперисторассеченными кудрявыми листьями. Эти сорта могут использоваться не только для приготовления салатов, но и для украшения различных мясных и рыбных блюд. Исходным материалом для создания таких сортов являются представители сортотипа Кудрявый, которые выделяются, кроме того, наиболее высоким содержанием аскорбиновой кислоты, относительной позднеспелостью и высокими товарными качествами.
Методы селекции кресс-салата еще недостаточно разработаны. Гибридизация затруднительна из-за мелкого размера цветка. Данные о наследовании признаков в литературе, практически, отсутствуют. М. М. Гиренко проводила скрещивание цельнолистных и рассеченнолистных сортов с выделением гибридов на стадии сеянцев по такому признаку, как трехлопастные семядоли, который может быть использован в указанной комбинации как маркерный. Анализ гибридного потомства позволяет сделать вывод, что признак «надрезанность семядолей» доминирует над признаком «цельные семядоли» и определяется одним геном. Признак «надрезанность пластинки листа» наследуется по типу неполного доминирования. В ее работе отмечается также, что скороспелость наследуется независимо от признака «надрезанность пластинки листа». Эти исследования позволяют считать метод гибридизации, наряду с различными формами отбора, действенным в селекции кресс-салата.