Всеобщность закона доминирования уже вскоре после его переоткрытия была подвергнута сомнению на основании целого ряда фактов.
Доминирование как всеобщий закон большинством генетиков не признавался. Собственно, и Мендель не называл его законом. Некоторые из генетиков говорили только о «правиле доминирования». Дело в том, что для огромного числа признаков у растений и животных характерно неполное доминирование в F1. Такое неполное доминирование отмечалось по ряду признаков у гороха самим Менделем. Одно время даже признавалось существование двух типов доминирования. Полное доминирование, как в случае большинства изученных признаков гороха, назвали «Pisum-тип», а неполное доминирование, исследованное на кукурузе, — «Zea-тип».
При неполном доминировании гибрид F1 (Aa) не воспроизводит полностью ни один из родительских признаков, выражение признака оказывается промежуточным, с большим или меньшим уклонением к доминантному или рецессивному состоянию, но все особи данного поколения проявляют единообразие по этому признаку. Поэтому иногда закон доминирования предпочитают называть законом единообразия гибридов первого поколения. Примером неполного доминирования может служить промежуточная розовая окраска цветка у гибридов ночной красавицы (Mirabilis jalapa), полученных от скрещивания красноцветковой и белоцветковой форм.
Наследование окраски цветков при неполном доминировании у Mirabilis jalapa
При неполном доминировании в потомстве гибрида имеет место совпадение расщепления по фенотипу и генотипу, в то время как при полном доминирований расщепление в F2 по фенотипу (3:1) не совпадает с расщеплением по генотипу (1 : 2 : 1), так как гибрид Аа по внешнему виду неотличим от особи АА, гомозиготной по доминантной аллели; последняя в этом случае скрывает присутствие рецессивной аллели. Неполное доминирование позволяет легко отличить гибриды (Аа) от обеих гомозиготных форм АА и аа. Для того чтобы по формуле генотипа отличить полное доминирование от неполного, предлагается в случае последнего сверху заглавной буквы ставить черточку (например Àа).
При неполном доминировании у гибридов имеет место промежуточное проявление признака, отличное от проявления его у обеих родительских форм. Следовательно, гибридность при неполном доминировании является источником изменчивости.
Неполное доминирование оказалось широко распространенным явлением и было отмечено при изучении наследования окраски цветка у львиного зева, окраски оперения у кур, шерсти у крупного рогатого скота и овец, а также по многим другим морфологическим и физиологическим признакам.
Природа явления доминирования до сих пор остается мало изученной. Оно является свойством гена обусловливать развитие доминантного признака. Однако это свойство изменяется под влиянием внешних условий, в разной степени благоприятствующих или препятствующих развитию одного из пары признаков. Изменение доминирования в индивидуальном развитии не ведет к изменению расщепления в потомстве гибрида.
В своих работах по селекции плодовых растений И. В. Мичурин показал возможность управления доминированием у гибридов. Для того чтобы получить гибриды с нужными свойствами, Мичурин не только тщательно подбирал формы для скрещивания, но и создавал условия, благоприятствующие развитию гибрида в определенном, желательном, направлении.